MyISAM索引文件和数据文件是分离的，索引文件仅保存数据记录的地址。这与Oracle的索引结构相似，比较好理解。那么，常用的Innodb聚集索引结构是怎样的呢？
InnoDB的数据文件本身（.ibd文件）就是索引文件。在InnoDB中，表数据文件本身就是按B+Tree组织的一个索引结构，这棵树的叶节点data域保存了完整的数据记录。这个索引的key是数据表的主键，因此InnoDB表数据文件本身就是主索引。
上图是InnoDB主索引（同时也是数据文件）的示意图，可以看到叶节点包含了完整的数据记录。这种索引叫做聚集索引。因为InnoDB的数据文件本身要按主键聚集，所以InnoDB要求表必须有主键（MyISAM可以没有），如果没有显式指定，则MySQL系统会自动选择一个可以唯一标识数据记录的列作为主键，如果不存在这种列，则MySQL自动为InnoDB表生成一个隐含字段作为主键，这个字段长度为6个字节，类型为长整形。
可能上面的描述还不够直观，我又翻阅了《MySQL技术内幕：Innodb存储引擎》一书，在其第172页找到了如下图片。
可以看出，聚集索引非叶子节点中，Pointer（索引键值）指向的是ibd文件的Page Offset，这样就定位到数据的物理位置了。通过操作系统的inode，就能找到磁盘中的具体数据块了。
找到数据块，将它读入Innodb buffer pool，然后通过page header中的数据结构，就能定位到行记录了。
参考链接：http://blog.codinglabs.org/articles/theory-of-mysql-index.html
来源：https://www.cnblogs.com/dba-john/p/12096666.html