阿里云推出高效病毒基因序列检索功能,它的底层逻辑原来是这样的
【推荐阅读】微服务还能火多久?>>> 1.背景介绍 2019年年底,中国的新兴的商业中心武汉,爆发了一种新型的冠状病毒,在流行的两个多月中,在中国造成了3300多人死亡,8万2千多人感染。随着疫情的进一步蔓延,目前已经横跨了109个国家,造成了80多万人感染,4万多人失去了生命。到目前为止,疫情使得50多个国家停摆,全世界范围内造成了数千亿美元的经济损失。阿里云提供高效基因序列检索助力冠状病毒序列分析用于疫情防治。 对于当下疫情,基因序列分析技术主要用在一下几个方面。 第一,用在新冠状病毒的溯源和分析,可以帮助人们找到病毒宿主,做好有效的防范。通过基因匹配技术,我们可以发现,蝙蝠和穿山甲身上的冠状病毒的RNA序列匹配度达到到了96%和99.7%,因此穿山甲和蝙蝠很可能是新型冠状病毒的宿主。 第二,通过基因序列分析,对基因序列进行功能区域划分,了解各个模块的功能,从而更好地分析出病毒的复制,传播的过程。找到关键节点,设计出相关的药物和疫苗。 第三,同时也可以检索到与冠状病毒相似的病毒基因序列,比方说SARS,MERS等病毒。从而可以借鉴相关的药物靶点的设计机制,更快更高效的设计出来相关的检测试剂盒,疫苗,以及相关的治疗药物。 但是,当前的的基因匹配算法太慢,因而迫切的需要高效的匹配算法来进行基因序列分析。阿里云AnalyticDB团队将基因序列片段转化成对应的1024维的向量特征