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利用phylip软件对SNP数据构建进化树

北慕城南 提交于 2020-08-17 12:48:12
1、下载、安装 phylip软件 官网: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html wget http: // evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz cd phylip-3.697/ cd src/ make -f Makefile.unx install 安装成功的标志。 可执行程序在exe路径下: 2、下载测试数据 ,提取一小部分进行测试: 链接:https: // pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg 提取码:e69n head -n 5 test.ped | cat - <(tail -n 5 test.ped) > a && mv a test.ped 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856 样本ID必须是10个字符,这点很重要!!!使用如下命令修改: ##把间隔符改为tab plink --file test --recode tabx --sheep -- out test;rm -f *.log * .nosex ##把个体ID调整为10个字符

利用phylip软件对SNP数据构建进化树

柔情痞子 提交于 2020-08-17 12:47:57
1、下载、安装 phylip软件 官网: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html wget http: // evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz cd phylip-3.697/ cd src/ make -f Makefile.unx install 安装成功的标志。 可执行程序在exe路径下: 2、下载测试数据 ,提取一小部分进行测试: 链接:https: // pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg 提取码:e69n head -n 5 test.ped | cat - <(tail -n 5 test.ped) > a && mv a test.ped 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856 样本ID必须是10个字符,这点很重要!!!使用如下命令修改: ##把间隔符改为tab plink --file test --recode tabx --sheep -- out test;rm -f *.log * .nosex ##把个体ID调整为10个字符

利用phylip软件对SNP数据构建进化树

自古美人都是妖i 提交于 2020-08-17 12:40:54
1、下载、安装 phylip软件 官网: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html wget http: // evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz cd phylip-3.697/ cd src/ make -f Makefile.unx install 安装成功的标志。 可执行程序在exe路径下: 2、下载测试数据 ,提取一小部分进行测试: 链接:https: // pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg 提取码:e69n head -n 5 test.ped | cat - <(tail -n 5 test.ped) > a && mv a test.ped 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856 样本ID必须是10个字符,这点很重要!!!使用如下命令修改: ##把间隔符改为tab plink --file test --recode tabx --sheep -- out test;rm -f *.log * .nosex ##把个体ID调整为10个字符

利用phylip软件对SNP数据构建进化树

安稳与你 提交于 2020-08-17 12:40:04
1、下载、安装 phylip软件 官网: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html wget http: // evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz cd phylip-3.697/ cd src/ make -f Makefile.unx install 安装成功的标志。 可执行程序在exe路径下: 2、下载测试数据 ,提取一小部分进行测试: 链接:https: // pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg 提取码:e69n head -n 5 test.ped | cat - <(tail -n 5 test.ped) > a && mv a test.ped 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856 样本ID必须是10个字符,这点很重要!!!使用如下命令修改: ##把间隔符改为tab plink --file test --recode tabx --sheep -- out test;rm -f *.log * .nosex ##把个体ID调整为10个字符

基于.NET的免费开源的模板引擎---VTemplate

回眸只為那壹抹淺笑 提交于 2020-08-16 09:32:09
1、VTemplate模板引擎的简介 VTemplate模板引擎也简称为VT,是基于.NET的模板引擎,它允许任何人使用简单的类似HTML语法的模板语言来引用.NET里定义的对象。当VTemplate应用于web开发时,界面设计人员可以和程序开发人员同步开发一个遵循MVC架构的web站点,也就是说,页面设计人员可以只关注页面的显示效果,而由程序开发人员关注业务逻辑编码。VTemplate将.NET程序代码从web页面中分离出来,这样为web站点的长期维护提供了便利,同时也为我们在ASP.NET WebForm开发之外又提供了一种可选的方案。 VTemplate也可以作为动态文本生成工具,生成HTML、XML、邮件、程序源代码或其它文本等。 2、VTemplate模板的特色: 2.1、 VT是一种解释型的模板引擎,所以你可以随时更改你的模板代码以获得不同的输出,而不需要重新编译程序代码 2. 2、 VT支持缓存,也就是模板只需要解析一次,下次就可以直接从内存里构建您的模板对象而不需要再次解析模板代码,除非相关的模板文件已被修改。 2. 3、 VT的模板标签语法是基于HTML规范定义的元素,所以对页面设计人员来说是非常友好的。 2. 4、 VT模板支持循环、条件判断、数值表达式计算等,以方便你在模板里直接进行逻辑处理。 2. 5、 VT支持直接调用对象里的方法 例子: --------

2019年-中国计算机学会推荐国际学术会议和期刊目录(一)

五迷三道 提交于 2020-08-16 05:59:00
1.中国计算机学会推荐国际【 学术期刊 】 计算机体系结构 / 并行与分布计算 / 存储系统 (1)A类 序号 刊物简称 刊物全称 出版社 网址 1 TOCS ACM Transactions on Computer Systems ACM http://dblp.uni-trier.de/db/journals/tocs/ 2 TOS ACM Transactions on Storage ACM http://dblp.uni-trier.de/db/journals/tos/ 3 TCAD IEEE Transactions on Computer-Aided Design of Integrated Circuits And System IEEE http://dblp.uni-trier.de/db/journals/tcad/ 4 TC IEEE Transactions on Computers IEEE http://dblp.uni-trier.de/db/journals/tc/index.html 5 TPDS IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems IEEE http://dblp.uni-trier.de/db/journals/tpds/ (2)B类 序号 刊物简称 刊物全称 出版社

3par 划分磁盘

久未见 提交于 2020-08-14 02:16:43
1. 创建虚拟主机 create 1. 先点击左下角的 hosts 2. 依次点击 storage Systems imbbobcat02 host 然后 create host 3 配置 host 的名字 , 系统 ,ip 地址 , 然后点击 next 4. 在 linux 服务器上查询光纤端口 cd /sys/class/fc_host 然后 ls 查看两个端口 , 再 cat hostn/port_name 5. 再在 3par 管理器上面选取端口名字 5. 复制 multipath.conf 到 /etc 目录下 2. 创建虚拟卷 create virtual volume 1. 进入 3par 管理界面后 , 首先点击左下角的 provisioning( 准备 , 预备之意 ) 2. 然后右键点击 storage system 或者在其下的储存系统 , 选择 create virtual volume ( 创建虚拟卷 ) 3. 点击下面的 next 4. 配置 name, 选择 fully provisioned,size,user CPG 选择所用的磁盘阵列 , 最后点击 next 或者 finis 5. 在左侧点击 virtual volumes,by raid type, raid 1. 右键点击新创建的卷 demotest, 点击 export 然后选中左侧的

我们如何制作xkcd样式图?

白昼怎懂夜的黑 提交于 2020-08-13 17:16:41
问题: Apparently, folk have figured out how to make xkcd style graphs in Mathematica and in LaTeX . 显然,民间已经想出了如何 在Mathematica 和 LaTeX中 制作 xkcd 风格的图形。 Can we do it in R? 我们可以用R做吗? Ggplot2-ers? GGPLOT2-ERS? A geom_xkcd and/or theme_xkcd? 一个geom_xkcd和/或theme_xkcd? I guess in base graphics, par(xkcd=TRUE)? 我想在基本图形中,par(xkcd = TRUE)? How do I do it? 我该怎么做? As a first stab (and as much more elegantly shown below) in ggplot2, adding the jitter argument to a line makes for a great hand-drawn look. 作为ggplot2中的第一个刺(并且在下面更加优雅地显示),将jitter参数添加到一行可以获得很好的手绘外观。 So - 所以 - ggplot(mapping=aes(x=seq(1,10,.1), y=seq

最小生成树之kruskal算法

こ雲淡風輕ζ 提交于 2020-08-12 14:40:30
1、Kruskal算法描述 Kruskal算法是基于贪心的思想得到的。首先我们把所有的边按照权值先从小到大排列,接着按照顺序选取每条边,如果这条边的两个端点不属于同一集合,那么就将它们合并,直到所有的点都属于同一个集合为止。至于怎么合并到一个集合,那么这里我们就可以用到一个工具——-并查集(不知道的同学请移步: Here )。换而言之,Kruskal算法就是基于并查集的贪心算法。 Prim算法适用于稠密图 Kruskal适用于稀疏图 2、Kruskal算法流程 对于图G(V,E),以下是算法描述: 输入: 图G 输出: 图G的最小生成树 具体流程: (1)将图G看做一个森林,每个顶点为一棵独立的树 (2)将所有的边加入集合S,即一开始S = E (3)从S中拿出一条最短的边(u,v),如果(u,v)不在同一棵树内,则连接u,v合并这两棵树,同时将(u,v)加入生成树的边集E' (4)重复(3)直到所有点属于同一棵树,边集E'就是一棵最小生成树 输入: 图G 输出: 图G的最小生成树 具体流程: (1)将图G看做一个森林,每个顶点为一棵独立的树 (2)将所有的边加入集合S,即一开始S = E (3)从S中拿出一条最短的边(u,v),如果(u,v)不在同一棵树内,则连接u,v合并这两棵树,同时将(u,v)加入生成树的边集E' (4)重复(3)直到所有点属于同一棵树,边集E

【1121】shell(下)

白昼怎懂夜的黑 提交于 2020-08-11 11:51:59
【1121】shell(下) 5.39 函数 5.40 shell 数组 数组赋值 数组的删除 数组分片 数组替换 5.39 函数 函数就是把一段代码整理到了一个小单元中,并给这个小单元起一个名字,当用到这段代码时直接调用这个小单元的名字即可。 格式: function f_name() { command } 函数必须要放在最前面 示例脚本1: [root@alexis-01 shell]# vim fun1.sh //定义 f_name 最好不要和 shell 里面的关键词冲突 #!/bin/bash inp(){ echo $1 $2 $3 $0 $# } inp 1 a 2 [root@alexis-01 shell]# sh fun1.sh 1 a 2 fun1.sh 3 $1 $2 第一个,第二个参数 $# 脚本名称 $0 参数数量 将脚本更改为下面内容,测试结果 #!/bin/bash inp(){ echo "The first par is $1" echo "The second par is $2" echo "The third par is $3" echo "The script name is $0" echo "The quantity of par is $#" } inp 1 a 2 d kjf [root@alexis-01 shell]#