科学

基因注释

落爺英雄遲暮 提交于 2020-04-07 11:46:19
注释过程:这一步一般都需要手动去鉴定和校正,当然也可以利用一些软件来校正,运用这类过程的 软件 JIGSAW、 EVidenceModeler (EVM)和 GLEAN (以及后续软件 Evigan) 。 通过估计每一个来源的基因证据误差的类型和频率, 进而选择误差最小的结果 maker 在基因组注释上,MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列,将EST和蛋白序列比对到基因组,进行从头预测,并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。此外,MAKER还可以不断训练,最初的输出结果可以继续用作输入训练基因预测的算法,从而获取更高质量的基因模型。 需要的数据包括dpp开头(这里dpp是这个例子中注释对象的简称)的以下文件 protein表示是同源物种的蛋白序列,est是表达序列标签,存放的是片段化的cDNA序列,而contig则是需要被预测的基因组序列。 由于基因组注释设计到多个程序,多个步骤,每个步骤可能都有很多参数需要调整,因此就需要建立专门的配置文件用来告诉maker应该如何控制流程的运行。 如下步骤创建三个以ctl结尾的配置文件 maker_exe.ctl: 执行程序的路径 maker_bopt.ctl: BLAST和Exonerate的过滤参数 maker_opt.ctl: 其他信息,例如输入基因组文件 maker_exe.ctl和maker_bopt

太阳的形成

|▌冷眼眸甩不掉的悲伤 提交于 2020-04-05 19:16:06
  和所有的恒星一样,我们的太阳也是在物质星云受引力作用发生塌陷的过程中形成的。也许是邻近的一颗超新星引发了这次塌陷。这场巨大爆炸产生的冲击波穿越了距银河系中心大约2.7万光年即位于星系中心至星系边缘40%处螺旋臂区域的气态星云。当冲击波穿越星云之际,星云中的物质就好像撒在振动的鼓面上的沙子开始重新排列。一个由数百颗恒星组成的星群部落就此诞生。   它们都可以算作第二代或第三代恒星,因为形成它们的材料中除氢、氦以外,还包含许多别的元素。在形成太阳的星云中,原始气体占98%(大约72%为氢气,27%为氦气)。但其中还有许多其他的元素,包括碳、氮、氧(这些元素占宇宙所有物质的1.4%),以及铁、镁、硅、硫和氖(这些元素占据剩下的0.5%)。这10种元素,有的形成于大爆炸之际,有的形成于大型恒星内部,它们只占我们所在的星系区域原子物质质量的0.03%,而其余的元素则形成于超新星。比氢和氦更重的元素,以及许多由这些元素形成的简单化学物质的存在,说明为什么我们的太阳(或许还有与它相似的恒星)与第一代恒星不同,它是伴随着一群卫星一起诞生的。这些卫星就是组成太阳系的行星。   像所有的恒星一样,太阳的许多特征是由它的体积决定的。它是一颗黄色的恒星(光谱类型为G2),这意味着太阳属于中等亮度的恒星。然而,绝大部分恒星(大约95%)体积比太阳小,温度也比太阳低。对于地球而言,太阳是个庞然大物

大学物理

柔情痞子 提交于 2020-04-04 08:00:28
可见光波长范围:390~760纳米。 红光:波长范围:760~622纳米; 橙光:波长范围:622~597纳米; 黄光:波长范围:597~577纳米; 绿光:波长范围:577~492纳米; 青光:波长范围:492~450纳米; 蓝光:波长范围:450~435纳米; 紫光:波长范围:435~390纳米;可见,波长紫光最短,红光最长电场:  0.无限大平面电场分布  1.平行电容器的电场分布  2.球壳电场分布  3.通电长直线电场的分布 总结:做高四面,用高斯公式电势: 求带点圆环轴线上的电势分布( ,对q积分) 带点量为q的圆盘再轴线上的电势分布(可以把圆盘看作无数个圆环,然后对dr积分,因为dV=dq/***,所以要将dq转化为dr才好积分, ) 球壳电势分布(用高斯公式求出电场强度,再对dr积分)    4.无限长导体棒0电势点不能选取无限远处(选距导线r处的q点为0点) 电磁学: 静电只存在与导体表面 毕奥-萨法尔定律的dl对应导线长度 无限长导线周围的磁感应强度:u0I/2pix; 磁场的安培环路定理:磁感应强度B沿任意闭合曲线L的线积分等于该闭合回路所包围的电流代数和的u0倍 磁场力:BIL; 电与磁的联系: 求一导体棒绕一端点再磁场内转动,产生的感应电动势(为了使用电磁感应定律,选取一个虚拟闭合回路,然后利用公式计算,方向:直接楞次定理判定)

人类基因组概况--整理

北城余情 提交于 2020-03-26 08:25:55
人类基因组概况:             人类基因组由ATCG四种碱基组成,但是CG的含量低于50%,所以CG含量低于AT含量。         一个基因组的dna大约3ug。   snp:     平均每100到1000个碱基会出现1个SNPs,不过密度并不均匀。     人类基因组的突变频率10的-6次方。即:每10的6次方个碱基,就会发生一个突变。    基因组长度:     人类基因组有30亿个碱基(3*10的10次方)。人类基因组的exon的长度大约1*10的7次方,占基因组的2%~3%。     假如平均一个protein的长度为500个amino acid(氨基酸),那么编码一个protein需要的碱基数为500*3=1500bp=1.5kb。那么,1个protein占exon的碱基数:1500/(1*10的7次方)≈10的4次方,即1个protein占exon碱基数的万分之一。   基因类型:     Ensemble数据库中有5万多个基因。其中,2万多个蛋白编码基因,还有假基因、microRNA、LincRNA等。GeneCode的gtf文件中,有一列是genetype,它分的类型是:protein coding、LincRNA、假基因。     即:基因可分为两大类编码蛋白的基因(包括:protein coding gene、pseudogene、LincRNA

@pytest.mark.标签

放肆的年华 提交于 2020-03-24 20:43:58
在pytest当中,先注册标签,再给用例打标签,最后运行时,通过标签名来过滤测试用例。 1)注册标签名 官方提供的注册方式有2种,这里只提供一种最简单直接的方式,可以打单个或者多个标签: 通过pytest.ini配置文件给用例注册标签(pytest.ini 文件名是固定的,并且是放在testcases的文件夹下的,与用例同一个层级,放在其他地方会报错,不识别标签) 在pytest.ini文件当中: [pytest] # 固定的section名 markers= # 固定的option名称   标签名1: 标签名的说明内容。   标签名2   标签名N 2)在测试用例/测试类中给用例打标记(只能使用已注册的标记名,否则会报错,不识别标签) 在 测试用例的前面加上:@pytest.mark.已注册标签名 3)运行时,根据用例标签过滤(-m 标签名) 调用pytest.main()函数,将运行时的参数以列表传进去 来源: https://www.cnblogs.com/yzwdcjs/p/12561397.html

3D打印技术首次造出类脑组织

南笙酒味 提交于 2020-03-23 19:34:28
3 月,跳不动了?>>> 美国《趣味科学》网站日前报道称,英国科学家近日使用新的3D打印技术,首次打印出像人脑一样柔软的类脑组织,朝最终3D打印出功能齐备的完整大脑迈出重要一步。 以往,只有相对硬一些的材料可被3D打印出来,而大脑、肺等软组织,一般很难通过3D打印技术获得。这是因为3D打印过程涉及逐层建造物体,下层要能支撑不断增长的结构的重量,打印非常柔软的材料,容易出现底层材料崩塌问题。 此次,研究人员使用一种新型复合水凝胶(包含水溶性合成聚乙烯醇以及植物凝胶两种成分),打印出三维支架,然后用胶原蛋白包裹打印出结构,并用人类细胞进行填充,得到了类脑软组织。 新研究主要作者、伦敦帝国理工学院机械工程系研究人员谭正初(音)说:“3D打印技术有望使医生利用病人自己的细胞,为其制造出定制器官,从而大幅缓解移植器官严重短缺的问题。但以前3D打印出来的生物结构,大多是骨骼或像肝脏、肾脏这样的较硬器官,大脑等软组织很难3D打印。” 为解决打印软组织难这一问题,研究人员在打印过程中进行了降温处理。谭正初说:“我们使用的是低温打印过程,这意味着,下层被冻住了,这使其非常稳固,新层结构可以打印在上面,不会出现底层崩塌的现象。打印完成后,我们可以让得到的物体慢慢解冻,并保持形状。” 据悉,该技术目前还存在不少局限性,比如,他们仅能制造出类脑组织的小样本,而非整个大脑。此外

《七堂极简物理课》总结

混江龙づ霸主 提交于 2020-03-21 18:37:38
目录 一、 最美理论 1. 1905年 ,爱因斯坦科学期刊《投了三篇文章》 2. 空间是一种物质 3. 爱因斯坦方程式 4. 黑洞 5. 宇宙大爆炸 二、 量子 1. 普朗克假设 2. 量子理论诞生宣言 3. 量子跃迁 4. 量子理论方程 三、 宇宙的构造 人类宇宙构造的认知历史 四、 粒子 原子组成 粒子理论 五、空间的颗粒 20世纪两大明珠 相互矛盾的伟大理论 圈量子引力 六、概率、时间和黑洞的热 1. 热的本质 2. 黑洞的热 七、我们 一、 最美理论 1. 1905年 ,爱因斯坦科学期刊《投了三篇文章》 第一篇指出了原子的存在 第二篇奠定了量子力学的基础 第三篇提出了《狭义相对论》 狭义相对论对牛顿的万有引力提出了质疑,和自由落体的认知产生了矛盾,爱因斯坦花了十年的时间解决,提出了《广义相对论》 牛顿想像物体是在空间中运动的:所有物体都做直线运动,直到一个力使它们的轨道发生弯曲,至于这个容纳世界的空间是由什么做成的,牛顿没有给出答案。 爱因斯坦出生前的几年,法拉第和麦克斯韦发现了“电磁场”:一种无处不在的真实存在,可以传递无线波,可以振动,波动 爱因斯坦收电磁场启发:引力场不弥漫于空间,因为它本身就是空间。 2. 空间是一种物质 广义相对论对宇宙做出了惊人的简化:空间是构成世界的“物质”之一,这种可以波动、弯曲、变形的实体。 太阳会使其周围的空间发生弯曲

浅谈科学研究的方法论在实际企业中的应用

我只是一个虾纸丫 提交于 2020-03-19 03:11:31
个人初步总结了以下5个步骤,后面会根据具体生产实践进行更新完善。。。 1.发现真正的问题 “半亩方塘一鉴开,天光云影暗徘徊,问渠哪得清如许,为有源头活水来。”——宋朝著名的理学家、诗人朱熹的《观书有感》。大概意思就是:半亩大的一块水塘平静就象一面镜子,天上的霞光彩云在水面上荡漾,问一下水塘里的水为什么这样清亮,还不是因为有源源不断的清水流进来。这首诗表明了诗人的一种治学态度,无论是做技术还是做科学研究,生命力是最重要的。 互联网行业日新月异,技术更新迭速度代极快,对从业人员提出了很高的要求,一旦慢了,懒了,怠惰了,很有可能就像大浪淘沙一样被行业淘汰。因此,做到终身学习,不轻易给自己设限,不断地迭代进步,不断成长并更新自己的知识体系,就显得尤为重要。 一般来说,吸收新鲜的东西又有两条路径:一条是直接路径、一条是间接路径。所谓直接途径就是动手实践。邓爷爷老人家说的好:实践是检验真理的唯一标准。不得不说:实践可以高效地获取第一手资料,但同时也具备一定的局限性。因为实践是基于个人的经验,容易陷入经验主义的微观陷阱。有的时候,当你欢天喜地的以为自己有了惊人的发现或者发明,结果一调研才发现别人已经在几百年前就已经发现并解决了,你说尴尬不尴尬。人的一生是短暂的,应该高效的去做有意义的事情。不要像蛮牛一般乱冲乱撞,最后一无所获。因此要学会借力,就像太极里面的以力打力,学会用巧劲儿

论文写作

て烟熏妆下的殇ゞ 提交于 2020-03-17 06:26:41
IMMRD的功能 I n t r o d u c t i o n Introduction I n t r o d u c t i o n :What question was studied?(研究的目的) M a t e r i a l s 和 m e t h o d s Materials 和 methods M a t e r i a l s 和 m e t h o d s :how and based on what the problem studied?(如何实施的) R e s u l t s Results R e s u l t s :what are the findings?(发现了什么) D i s c u s s i o n Discussion D i s c u s s i o n :what do the findings mean?(新发现的意义) 关于题目如何体现创新性 我觉得要包含几个要素:1)对象 2)条件 3)特性 4)方法。对于我们工科研究来说,创新性可能属于这四个要素中的某一个或者几个方面,所以你的题目要包括这些因素中的一种或几种。比如,别人研究了常重力,你研究了微重力,这是条件上的创新,题目中要体现。别人研究了导热特性,你研究了相变换热特性,这是特性上的创新。别人研究了碳纳米管,你研究了石墨烯,这是对象上的创新

宇宙起源

徘徊边缘 提交于 2020-03-14 16:48:40
宇宙起源于距今100多亿年前的大爆炸,起初不仅没有任何天体,也没有粒子和辐射,只有一种单纯而对称的真空状态以指数方式膨胀着(这种膨胀比后来弗里德曼模型中的膨胀剧烈得多,称为暴胀)。今天我们所知道的自然界中四种基本相互作用力,即引力、强力、弱力、和电磁力,那时是不可区分的。随着宇宙的膨胀和降温,真空发生一系列相变(如同水在降到零摄氏度时变成冰那样):在大爆炸后10 -44 秒,发生超统一相变,引力作用首先分化出来,但强、弱、电三种作用任不可区分,夸克和轻子可以互相转变;到大爆炸后10 -36 秒,大统一相变发生,强作用同电、弱作用分离,物质和反物质之间的不对称性(即质子、电子等这类物质多于反质子、正电子之类反物质的现象)开始出现;10 -10 秒以后,弱电相变发生,弱作用和电磁作用分离,完成了四种相互作用逐一分化出来的历史。 从3分钟以后经过约70万年,宇宙的温度降到3000K,电子与原子核结合成稳定的原子(这个过程称复合),光子不再被自由电子散射,从此宇宙变得透明。又过了几十亿年,中性原子在引力作用下逐渐凝聚为原星系,原星系聚在一起形成等级式结构的星系集团。与此同时,原星系本身又分裂形成千千万万的恒星。恒星的光和热是靠燃烧自己的核燃料提供的。其后果是合成碳、氧、硅、铁这些早期宇宙条件下不能产生的重元素。在恒星生命即将结束时,它将通过爆发形式抛出富含重元素的气体和尘粒