conda

单细胞转录组确实是利器，但我们大多只利用了表达的信息，而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章，讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto -notebooks RNA velocity of single cells 首先需要了解一些基本概念： RNA velocity：the time derivative of the gene expression state—can be directly estimated by distinguishing between unspliced and spliced mRNAs in common single-cell RNA sequencing protocols. a high-dimensional vector that predicts the future state of individual cells on a timescale of hours. 比较抽象，一开始很难理解。 half-life of mRNA：Translation in both prokaryotes and eukaryotes involves three phases: initiation, elongation, and

1、Windows版 准备 干净的系统，没有安装过Python，有的话就卸载了。 另外我的系统安装了VS2015 VS2017（这里我不知道是不是必备的）。 现在TensorFlow和cuda以及cuDNN品名升级，所以这里采用了几乎是最新版的了（2018年11月19日） Anaconda—— 清华tuna下载 显卡驱动—— 点我去英伟达官网自行下载对应驱动 cuda9.0安装包—— 点我去百度云下载 cuDNN7.x安装包—— 点我去百度云下载 安装 1、安装Anaconda 这里省略。注意一点，安装的选项加入path，都勾选。 2、安装显卡驱动 默认安装。 3、安装cuda9.0 默认安装。 4、安装cuDNN 7.x 将压缩包解压，放在C:\ProgramData\NVIDIA GPU Computing Toolkit\v9.0这个目录下。 然后将目录C:\ProgramData\NVIDIA GPU Computing Toolkit\v9.0\bin添加到环境变量PATH里。 验证 1、启动Anaconda Prompt 输入 1 conda env list 显示只有一个base或者root的环境。表示只有一个环境。 2、修改Anaconda的软件源 执行 1 conda config --add channels https://mirrors.tuna

Anaconda笔记 镜像网站安装推荐。 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 添加特定源 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes 查看更新源配置 conda config --show channels 按照必要环境 tensorflow-gpu install mingw libpython keras windows下Path环境变量太大的问题 解决办法是新建一个变量，比如EPath，然后将部分比较长的变量，放入其中。删除Path中已经放在EPath的变量，然后在Path加入%Epath%变量。在cmd命令中，输入Path，检查修改是否生效或成功。 网易邮箱，foxmail客户端报错554，需要在发邮件的时候，抄送一份给自己即可。 无法定位程序输入点 OPENSSL_sk_new_reserve 于动态链接库，解决方案

1、 安装 anaconda 2、 更新 gcc 到 4.9 以上 gcc -std=c++11 test.cpp 测试代码 test.cpp #include<iostream> #include <memory> using namespace std; int main(){ shared_ptr < int > p = make_shared< int >( 42 ); cout << " p = " <<*p<< endl; return 0 ; } 3、 安装 mmdetection 1 ）创建 conda 虚拟环境并激活，然后安装 cpython conda create -n open-mmlab python= 3.7 - y conda activate open - mmlab conda install cython 2 ）查看本机是否支持 GPU lspci | grep -i nvidia 安装 pytorch(>=1.0) # 可以直接通过 pytorch 的官网查看安装命令 3 ）克隆 mmdetection 仓库 git clone https: // github.com/open-mmlab/mmdetection.git cd mmdetection # 2019 年 7 月 27 日 更新后的 mmdetection ，将 compile

最近电脑重装系统后，安装anaconda 发现有一些新的变动，容易出现一些新的问题，现在记录下来。 (现在根据清华镜像的最新公告，清华anaconda 已经恢复，可以直接换成 清华镜像 的源了) 1 安装 （1）目前由于版权原因，只能去官网下载 网址： https://www.anaconda.com/distribution/ （这里下载的是windows 版本 64-Bit Graphical Installer (662 MB) ） （2）下载完成后，开始安装，这里和正常安装程序一样一直点下去就行了。（注意！！安装路径不能有空格，否则有可能会出问题，最好是全英文路径） （3）遇到下图这一步时，一般只选择第二项。 （4）安装完成后需要设置环境变量 ，我的电脑右键-属性-高级系统设置 -环境变量-找到系统变量 path -选中后点编辑 将anaconda 以及anaconda/Scripts目录 添加到系统环境变量中 如： 进入 cmd 或者 power shell （推荐） 输入 conda -V 会出现 conda 的版本号，输入python（如果没安装其他版本python的话）会进入python环境 ，这时说明安装完成 。 2 创建虚拟环境（ win10 下使用 Anaconda Prompt , 不要使用 windows 自带的 powershell 或 cmd） 注意