SDS

基于质谱的蛋白质鉴定,第3节:基于MALDI-MS肽指纹图谱的蛋白质质谱鉴定

人走茶凉 提交于 2020-10-22 02:26:02
自从将质谱(mass spec, MS)引入蛋白质分析中以来,肽指纹图谱(peptide mass fingerprint, PMF)分析已成为高通量蛋白质鉴定的首选方法。在肽指纹图谱PMF分析方法中,来自二维凝胶电泳纯化的目标蛋白质,无论是通过酶水解还是化学裂解,最后都是通过质谱技术对所得的肽混合物进行分析。分析得到的肽指纹图谱与通过理论裂解数据库中存储的蛋白质序列而获得的无指纹图谱进行比较,检索得分最高的蛋白质作为可能的候选蛋白质。与其他电离技术(如ESI)相比,MALDI可以容纳分析物混合物中适度的缓冲液和盐浓度,几乎只产生单电荷离子。基于这些原因,MALDI已成为肽指纹图谱PMF分析的首选电离技术。在90年代初期,几个研究小组报告了使用MALDI-肽指纹图谱PMF进行敏感蛋白质谱鉴定。结果表明,准确鉴定蛋白质只需要少量精确测量的肽指纹图谱,并且使用这种技术可以鉴定出凝胶中分离的pmole~fmol量级别的蛋白。网上各类基于PMF的数据库搜索引擎,如MOWSE ( http://srs.hgmp.mrc.ac.uk/cgi-bin/mowse ), ProfFound ( http://prowl.rockefeller.edu/cgi-bin/ProFound ), PeptIdent ( http://www.expasy.ch/tools/peptident.html

这么设计,Redis 10亿数据量只需要100MB内存

独自空忆成欢 提交于 2020-10-07 05:11:34
来源: www.toutiao.com/i6767642839267410445 本文主要和大家分享一下redis的高级特性:bit位操作。 本文redis试验代码基于如下环境: 操作系统:Mac OS 64位 版本:Redis 5.0.7 64 bit 运行模式:standalone mode redis位操作 reids位操作也叫位数组操作、bitmap,它提供了SETBIT、GETBIT、BITCOUNT、BITTOP四个命令用于操作二进制位数组。 先来看一波基本操作示例: SETBIT 语法:SETBIT key offset value 即:命令 key 偏移量 0/1 setbit命令用于写入位数组指定偏移量的二进制位设置值,偏移量从0开始计数,且只允许写入1或者0,如果写入非0和1的值则写入失败: GETBIT 语法:GETBIT key offset 即:命令 key 偏移量 gitbit命令用于获取位数组指定偏移量上的二进制值: BITCOUNT 语法:BITCOUNT key 即:命令 key bitcount命令用于获取指定key的位数组中值为1的二进制位的数量,之前我们写入了偏移量0的值为1,偏移量10 的值为1,偏移量8的值为0: BITOP 语法:BITOP operation destkey key [key…] 即:命令 操作 结果目标key

“天合翔宇”信创就绪,全面打通国产化升级路径

喜欢而已 提交于 2020-10-04 08:03:30
点击上方关注我们! 从“去IOE”到如今大热的“信创”,背后彰显的一个相同事实是:不同时期的ITer虽然在国产化道路上经历了曲折坎坷,但对突破关键核心技术的信念笃定不移。 作为一个已经成长为万亿级规模的新兴市场,信创的“朋友圈”如今变得越来越广。从CPU技术、底层存储、数据库、操作系统,到云平台、应用软件、硬件平台,信创技术和应用生态正在由点及面快速崛起。 随着越来越多关键工作负载的信创化,数据的“汇-存-管-用”全流程需要加速向全栈国产化演进,实现全域的数据可管可控。但是,现阶段信创生态在数据层仍然面临着以下问题: 第一, 信创生态基础架构技术路径多样化 。以关键的CPU技术为例,目前有鲲鹏、兆芯、海光、飞腾、龙芯、申威等基于不同架构和指令集的CPU产品,为了实现对异构计算芯片的融合,需要在数据层实现各生态的兼容适配; 第二, 信创生态和现有 x 86生态的融合、过渡和切换。 现代数据中心构建了以x86为主的应用生态,无论是传统应用还是新兴的云原生工作负载,皆运行在其上。信创生态要破局“出圈”,进入并融入市场,就必须让用户在业务无感知的前提下,实现跨生态的数据迁移和流动; 第三, 信创生态下端到端解决方案及应用的适配。 信创应用生态的不断丰富,给用户带来了多元化的国产化技术选择,通过自由的市场选择,实现信创生态的良性发展。但为了保证用户体验的一致性

牛逼!Redis 的字符串是这样实现的…

主宰稳场 提交于 2020-10-02 22:00:33
作者:小小木的博客 www.cnblogs.com/wyc1994666/p/10669212.html 之前本人在找工作面试时在Redis相关问题上可栽了跟头。 在面试前按常规套路准备了一下,比如 Redis 的常用5种数据结构,Redis持久化策略,Redis实现 分布式锁 ,简单 发布订阅 等等都准备了,当时不知天高地厚以为十拿九稳了,可是万万没想到我终究还是在Redis的被问的第一个问题上翻船了~~ 面试官 : 看你简历上写了熟悉常用数据结构,都有哪些说说 本人 : 常用有5种,string,list,set,zset,hash(内心很得意) 面试官 : 那你说说都用过哪些数据结构_ 本人 : 用的最多的是string,通常会把json字符串存进去_ 面试官 : 那你知道Redis内部是怎么实现它的string的么?_ 本人 : 呃~,我了解Redis是用C语言写的,至于具体实现就不清楚了~ 到此一面卒~~~ 有相同经历的朋友么? 回去后恶补了一下Redis有关原理性的知识点,恰好最近在最总结面试经历于是有了今天这篇文章。 本篇会讲以下内容: Redis字符串的实现 Redis字符串的性能优势 Redis字符串的实现 Redis虽然是用C语言写的,但却没有直接用C语言的字符串,而是自己实现了一套字符串。目的就是为了提升速度,提升性能,可以看出Redis为了高性能也是煞费苦心

Serverless的初心、现状和未来

僤鯓⒐⒋嵵緔 提交于 2020-10-02 21:55:24
作者 | 不瞋 阿里云高级技术专家 导读: Serverless 是如何产生的?当前有哪些落地场景?Serverless 的未来又将如何?本文分享了阿里云高级技术专家不瞋对于 Serverless 的看法,回顾其发展历程,并对 Serverless 的发展趋势做出预测。 源起 回望整个计算机技术发展史,我们会发现 “抽象、解耦、集成” 的主题贯穿其中。产业每一次的抽象、解耦、集成,都将创新推向新的高度,也催生出庞大的市场和新的商业模式。 大型机时代,硬件和软件都是定制化的,使用专有的硬件、操作系统和应用软件。 PC 时代,硬件被抽象解耦成 CPU、内存、硬盘、主板、USB 设备等标准化的部件,不同厂商生产的部件可以自由组合,组装成整机。软件被抽象解耦为操作系统、库等可复用组件。硬件和软件的抽象解耦,创造了新的商业模式,释放了生产力,造就了 PC 时代的繁荣。 云的时代,硬件软件化和软件服务化成为最显著的两个趋势。 硬件软件化的核心在于硬件功能中越来越多的部分由软件来呈现,从而在迭代效率、成本等方面获得显著优势。以软件定义存储(Software Defined Storage,SDS)为例,SDS 是位于物理存储和数据请求之间的一个软件层,允许用户操控数据的存储方式和存储位置。通过硬件与软件解耦,SDS 可运行于行业标准系统或者 X86 系统上

Redis-五大数据类型实现原理

风流意气都作罢 提交于 2020-09-30 07:41:53
一、前言 在Redis底层中,有六种数据结构(简单动态字符串、链表、字典、跳跃表、整数集合、压缩列表),但Redis并没有直接使用这些数据结构来实现键值对数据库,而是基于这些数据结构创建了一个对象系统,这些对象系统也就是String、Hash、List、Set、ZSet五大数据类型,每一种数据类型都至少用到了一种数据结构。通过这五种不同类型的对象,Redis可以在执行命令之前,根据对象的类型判断一个对象是否可以执行给定的命令,而且可以针对不同的场景,为对象设置多种不同的数据结构,从而优化对象在不同场景下的使用效率。 一、对象的类型与编码 Redis使用前面说的五大数据类型来表示键和值,每次在Redis数据库中创建一个键值对时,至少会创建两个对象,一个是键对象,一个是值对象,而Redis中的每个对象都是由 redisObject 结构来表示: typedef struct redisObject{ //类型 unsigned type:4; //编码 unsigned encoding:4; //指向底层数据结构的指针 void *ptr; //引用计数 int refcount; //记录最后一次被程序访问的时间 unsigned lru:22; }robj 1.1 type属性 对象的type属性记录了对象的类型,这个类型就是前面讲的五大数据类型: 可以通过如下命令来判断对象类型

Redis-底层数据结构详解

对着背影说爱祢 提交于 2020-09-27 04:41:24
一、前言 前面介绍过Redis的五大基础数据类型(String、Hash、List、Set、ZSet)由六种底层数据结构(简单动态字符串、链表、字典、跳跃表、整数集合、压缩列表)实现,本章主要分析这六种底层数据结构。 PS:Redis有八种编码,但底层数据机构是六种。 二、SDS(simple dynamic string)简单动态字符串 结构定义 struct sdshdr{ //记录buf数组中已使用字节的数量 //等于 SDS 保存字符串的长度 int len; //记录 buf 数组中未使用字节的数量 int free; //字节数组,用于保存字符串 char buf[]; } SDS保存的字符串结构图示: 优势: 常数复杂度获取字符串长度 由于 len 属性的存在,我们获取 SDS 字符串的长度只需要读取 len 属性,时间复杂度为 O(1)。而对于 C 语言,获取字符串的长度通常是经过遍历计数来实现的,时间复杂度为 O(n)。通过 strlen key 命令可以获取 key 的字符串长度。 杜绝缓冲区溢出 在 C 语言中使用 strcat 函数来进行两个字符串的拼接,一旦没有分配足够长度的内存空间,就会造成缓冲区溢出。而对于 SDS 数据类型,在进行字符修改的时候,会首先根据记录的 len 属性检查内存空间是否满足需求,如果不满足,会进行相应的空间扩展

[由零开始]Redis数据类型与底层数据结构

旧街凉风 提交于 2020-09-24 11:31:12
数据类型与底层数据结构 1.数据类型 Redis是一个Key-Value的存储系统,使用ANSI C语言编写。 key的类型是字符串。 常用的:string字符串类型、list列表类型、set集合类型、sortedset(zset)有序集合类型、hash类 型。 不常见的:bitmap位图类型、geo地理位置类型。 Redis5.0新增一种:stream类型 注意:Redis中命令是忽略大小写,(set SET),key是不忽略大小写的 (NAME name) 2. Redis数据类型分析 2.1 Redis的Key的设计 用:分割 把表名转换为key前缀, 比如: user: 第二段放置主键值 第三段放置列名 比如:用户表user, 转换为redis的key-value存储 userid username password email 1 zhangf 111111 zhangf@163.com username 的 key: user:9:username {userid:9,username:zhangf} email的key user:9:email 2.2 String字符串类型 String能表达3种值的类型:字符串、整数、浮点数 2.2 .1 常见操作命令: 命令名称 命令描述 set set key value 赋值 get get key 取值 getset

多图解释Redis的整数集合intset升级过程

泪湿孤枕 提交于 2020-08-19 22:14:03
redis源码分析系列文章 [Redis源码系列]在Liunx安装和常见API 为什么要从Redis源码分析 String底层实现——动态字符串SDS 双向链表都不懂,还说懂Redis? 面试官:说说Redis的Hash底层 我:......(来自阅文的面试题) Redis的跳跃表确定不了解下 前言 大噶好,今天仍然是元气满满的一天,抛开永远写不完的需求,拒绝要求贼变态的客户,单纯的学习技术,感受技术的魅力。(哈哈哈,皮一下很开森) 前面几周我们一起看了Redis底层数据结构,如 动态字符串SDS , 双向链表Adlist , 字典Dict , 跳跃表 ,如果有对Redis常见的类型或底层数据结构不明白的请看上面传送门。 今天来说下set的底层实现 整数集合 ,如果有对set不明白的,常见的API使用这篇就不讲了,看上面的传送门哈。 ​ 整数集合概念 整数集合是Redis设计的一种底层结构,是set的底层实现,当集合中只包含整数值元素,并且这个集合元素数据不多时,会使用这种结构。但是如果不满足刚才的条件,会使用其他结构,这边暂时不讲哈。 下图为整数集合的实际组成,包括三个部分,分别是编码格式encoding,包含元素数量length,保存元素的数组contents。(这边只需要简单看下,下面针对每个模块详细说明哈😝) ​ 整数集合的实现 我们看下intset

Redis 高频面试题:10w+QPS 的 Redis 真的只是因为单线程和基于内存?

☆樱花仙子☆ 提交于 2020-08-18 09:02:32
你以为 Redis 这么快仅仅因为单线程和基于内存? 那么你想得太少了,我个人认为 Redis 的快是基于多方面的:不但是单线程和内存,还有底层的数据结构设计,网络通信的设计,主从、哨兵和集群等等方面的设计~ 下面,我将 360° 为你揭开 Redis QPS达到10万/秒的神秘面纱。 一、底层数据结构设计 1、底层架构: 首先值得称赞的第一点:Redis 底层使用的数据结构很多,但是却没有直接使用这些数据结构来实现键值对数据库,而是基于数据结构创建了一个对象(redisObject)系统。(是不是觉得有点面向对象编程的意思 ~) 对象系统里面包括了字符串对象,列表对象,哈希对象、集合对象和有序集合对象。 使用对象的好处: Redis 在执行命令之前,可以根据对象的类型判断这个对象是否可以执行给定的命令。 可以针对不同的使用场景,为对象设置多种不同的数据结构实现,从而优化对象在不同场景下的使用效率。 一个对象怎么设置不同的数据结构实现? 在讲解前,我们必须要了解 Redis 对象的结构。 它三个重要的部分:type 属性、encoding 属性,和 ptr 属性。 我们用字符串对象为例: 我们都知道,Redis 的 SET 命令其实是针对字符串的,但是它也可以设置数值。那底层是怎么做的呢? 它会将 String 对象的 encoding 属性标识为 REDIS_ENCODING