R语言kohonen包主要函数介绍
最近准备写一篇关于自组织映射 (Self-organizing map)的文章。SOM的代码很多,研究了一圈之后目前使用最顺手的是R语言的kohonen包。 这个kohonen包功能很丰富,但是接口不是特别合理。R语言包大部分是统计学家写的,功能强大,数学上严谨,但是不怎么考虑代码的规范和简洁。 kohonen最重要的四个函数: som xyf supersom somgrid 这个命名的随意性容易让程序员抓狂。简单说, som 和 xyf 是 supersom 的封装版本,分别对应单层SOM和双层SOM,如果是两层以上的多层SOM,必须使用 supersom 。这里需要注意一下函数的输入参数。 主要函数 som(X,...) xyf(X, Y, ...) supersom(data, grid=somgrid(), rlen = 100, alpha = c(0.05, 0.01), radius = quantile(nhbrdist, 2/3), whatmap = NULL, user.weights = 1, maxNA.fraction = 0L, keep.data = TRUE, dist.fcts = NULL, mode = c("online", "batch", "pbatch"), cores = -1, init, normalizeDataLayers