在B2B领域，为确保您通过互联网与业务合作伙伴（如供应商，客户，物流提供商，金融机构）交换文档的安全性，推荐的方式与许多通信协议使用的加密方法相同，例如AS2和SFTP。这些通信协议使用公钥和私钥证书 – 一组用于发送方，一组用于接收接收 – 同时利用数字证书实现密钥对的轻松交换和管理。（请参阅数字证书如何帮助确保EDI数据的安全性。）使用此方式，您需要作出一个决定：如何生成公司使用的数字证书。
生成数字证书有两种选择：
（1）您可以使用特殊软件生成自己的数字证书 – 自签名证书
（2）您可以使用Verisign和Entrust等证书颁发机构（CA）生成的数字证书。如果数字证书由CA生成，则通常有效期为一年或两年。
或者如果您自己生成，则可以使其在更长的时间内有效。当证书过期时，需要续订或更换证书，并且您必须在到期之前向您的贸易伙伴提供新证书，以确保您交换的关键业务单据（例如采购订单和发票）可以继续不间断地传输。
如果使用证书颁发机构颁发的数字证书，除提供证书外，还可以提供以下服务，比如：
- 如果证书被泄露 – 例如，私钥已丢失或被盗 – CA可以在它到期之前“撤销”它。这些已撤销的证书将放在撤销列表中，该列表会在您使用之前由您的软件自动检查以验证证书。
- CA通过验证其凭据来确保证书持有者是他们声称的身份。 这为您与之交换文档的任何业务合作伙伴提供了额外的可靠性保证。
- 在合作伙伴证书的到期日期内，CA将定期验证您的贸易伙伴的身份，进一步提高系统的安全性。
使用自签名证书，允许他们设置自己的到期日期。 这种方法的好处包括：
- 它是免费的，因为许多B2B软件应用程序都包含证书自生成功能(RSSBus EDI内置生成数字证书功能)。
- 您可能会减少管理难度，因为可以设置更长的证书到期日期，比如说5年或10年。但是，具有较长的到期日期会降低系统的整体安全性，因为没有组织“监管”系统并确认证书被正确使用。
如果您的贸易合作伙伴设置了规则，您可能需要支持这两种模式，一些合作伙伴要求您使用来自CA的证书，而其他合作伙伴则接受自签名证书。 无论您选择哪种方式，都必须注意不要失去对私钥的访问权限（例如，忘记自己的密码），因为CA和自行生成证书的系统都无法检索它。