1 MS（Materials Studio）
2 VMD（Visual Molecular Dynamic）
2.1 保存模型
1 直接保存在当前目录下的psf 和pdb文件
2 另存在其他路径下
(1)
然后执行保存命令即可。
(2)
（3）VMD文件转存为Lammps文件
2.2 读取模型
（1）进入要读取模型的目录
（2）读取Lammps data文件
命令：
（3）载入psf pdb模型
命令：mol load psf water30528.psf pdb water30528.pdb
2.3 TIP3P转TIP4P
将TIP3P模型导入（psf、pdb），转换成lammps data文件，然后执行以下命令给O和H赋值。
原子赋值后，进行保存，分别保存psf、pdb和data。
2.4 两个模型合并
source combine.tcl #combine.tcl文件需要自己提前编写
2.5 常用命令
（1）调整模型中原子位置
旋转：set all [atomselect top all]
$all move [trans center {o o 28} axis y 90 deg]
$all move [trans center {0 0 28} axis x 180 deg]
平移：$all move by {-20 0 0}
（2）查看电荷和质量：
命令:set all [atomselect top all]
measure sumweights $all weight charge
measure sumweights $all weight mass
来源：oschina
链接：https://my.oschina.net/u/4278828/blog/3230745