区别：
1. InnoDB支持事务，MyISAM不支持，对于InnoDB每一条SQL语言都默认封装成事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好把多条SQL语言放在begin和commit之间，组成一个事务；
2. InnoDB支持外键，而MyISAM不支持。对一个包含外键的InnoDB表转为MYISAM会失败；
3. InnoDB是聚集索引，使用B+Tree作为索引结构，数据文件是和（主键）索引绑在一起的（表数据文件本身就是按B+Tree组织的一个索引结构），必须要有主键，通过主键索引效率很高。但是辅助索引需要两次查询，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。
MyISAM是非聚集索引，也是使用B+Tree作为索引结构，索引和数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针。主键索引和辅助索引是独立的。
MyISAM的B+树主键索引和辅助索引的叶子节点都是数据文件的地址指针：
InnoDB的B+树主键索引的叶子节点就是数据文件，辅助索引的叶子节点是主键的值：
4.InnoDB表必须有主键（用户没有指定的话会自己找或生产一个主键），而Myisam可以没有
5.Innodb存储文件有frm、ibd，而Myisam是frm、MYD、MYI
Innodb：frm是表定义文件，ibd是数据文件
Myisam：frm是表定义文件，myd是数据文件，myi是索引文件
锁机制：
MyISAM 默认用的是表级锁，不支持行级锁；
InnoDB 默认用的是行级锁，也支持表级锁。
锁分为共享锁和排他锁。
共享锁： 多个事务只能读数据不能改数据。
排他锁：一个事务在数据加上排他锁后，其他事务不能再在其上加其他的锁。
上了(读)共享锁，依然可以继续上(读)共享锁，不支持上(写)排他锁；
要是先上了(写)排他锁，则其他查询的(读)共享锁 和 (写)排他锁都是不允许的。
MyISAM 不支持事务，因此每一句sql的执行都可以看作一个独立的事务在执行。
InnoDB引擎支持事务。对于 修改数据sql：update,delete,insert 都会自动给涉及到的数据加上排他锁，select 语句默认不会加任何锁类型。
如果要给select 语句 加排他锁可以使用select ...for update 语句，给select 语句加共享锁可以使用select ... lock in share mode语句。
加过排他锁的数据行在其他事务中是不能修改数据的，也不能通过for update(排他锁)和lock in share mode(共享锁)的方式查询数据，但可以通过select ...from...查询数据，因为普通查询没有任何锁机制。
如何选择：
1. 是否要支持事务，如果要请选择innodb，如果不需要可以考虑MyISAM；
2. 如果表中绝大多数都只是读查询，可以考虑MyISAM，如果既有读也有写，请使用InnoDB。
3. 系统崩溃后，MyISAM恢复起来更困难，能否接受；
4. MySQL5.5版本开始Innodb已经成为Mysql的默认引擎(之前是MyISAM)，说明其优势是有目共睹的，如果你不知道用什么，那就用InnoDB，至少不会差。
InnoDB为什么推荐使用自增ID作为主键？
答：自增ID可以保证每次插入时B+索引是从右边扩展的，可以避免B+树 频繁合并和分裂（对比使用UUID）。如果使用字符串主键和随机主键，会使得数据随机插入，效率比较差。
来源：oschina
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