如何根据染色体坐标快速得到基因组的 DNA 序列

http://pythonhosted.org/twobitreader/ 提供了一个方便的小工具

python -m twobitreader hg19.2bit < example.bed

染色体的位置信息在 bed 文件中给出，.2bit 文件格式是 UCSC Genome Browser 的基因组序列文件索引格式，可以在 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/
下载到。UCSC Genome Browser 也提供了命令行工具可以从基因组序列文件生成 .2bit 文件。
twobitreader 可以用 pip 直接安装，也可以在 https://pypi.org/project/twobitreader/#files
下载源码安装。

来源：CSDN

作者：klcola

链接：https://blog.csdn.net/klcola/article/details/104032155