基本原则：
选择一个可以用十年的系统，不要随意更换系统。系统的软件都不要用最新的，用次新的，就是稳定版！
让系统尽可能简单，不要随意添加无意义的内容。内核和编译器层面的的东西，自己不懂就不要乱动。
系统选择：
可以用mac，也可以用Linux，但是绝对不能用windows（在没有server的情况下）
工具环境管理：
jupyter
Rstudio
python
R - R本身好装，只是有很多包需要配置好环境才能装上，甚至环境不对永远装不上。
clang
gcc
java
数据和代码管理：
系统、数据、代码最好要做到彼此独立。
就数据分析而言，jupyter秒杀其他一切工具。
必备工具：
chrome
office套装
iterm2 + 主题
filezilla
sublime
有道
artpip
选配工具：
slack
parallel
AI
Acrobat
spotify
印象笔记
grammarly
专业工具：
cytoscape
数据备份工具：
Google drive
Dropbox
Time machine
移动硬盘
灵魂拷问
1. 如何防止系统随时间变乱，变得不受控制？
变乱的主要原因就是会手贱，没事就喜欢装新东西上去玩，导致系统变得越来越乱，最终出现问题时无从溯源。
案例：在github上看见一个百度网盘的破解软件，装上后，前期确实能用，后面百度封了bug，最终卸载破解软件时才发现系统里面被修改了，此后系统里就隐藏了一个未知的bug。
教训：不要随便装一些未知软件，真的有可能对系统造成不可逆的伤害。
2. 如何防止文件越来越多，最终无法管理？
做科研，数据是不断积累的，结果也在不断积累，如果只是有数据就往里添，有结果就不断积累，那最终肯定会乱到无法管理。
而且多个项目之间的数据可能是交互的，这样就让代码更加难以管理。
策略：多思考，多整理，不常用的文档尽快打包整理，备份到历史库，不要再放在工作目录里。
基本的bash配置
常用Linux的一定要设置好bash，可以显著提高效率
复制粘贴的设置，选中复制，双击复制，邮件粘贴。
# 现在默认要用zsh，不想换可以忽略
export BASH_SILENCE_DEPRECATION_WARNING=1
# 在iterm标签显示信息
export PROMPT_COMMAND='echo -ne "\033];${PWD##*/} : macMini\007"'
# PSII
export PS1="\[\033[01;31m\]\u \[\033[00m\]\[\033[01;32m\]\h\[\033[00m\] \[\033[
01;33m\]\t\[\033[00m\] \[\033[01;34m\]\w/ \n\[\033[00m\]$ "
#
export home="/Users/surgery/Project/HOME/1-projects/1.scRNA-seq/2-smart-seq"
export githome="/Users/surgery/project/HOME"
#export user="/ifs4/BC_RD/USER"
#export app="/share/app"
export script="$githome/myScript/RAW"
export prj="/Users/surgery/Project"
# use bash very frequently
wd="/Users/surgery/project/work_dir"
alias swd='pwd | cat - > $wd'
alias wd='cat $wd'
alias lt='ll -rth'
alias qs='qstat'
alias qsb="echo 'qsub -cwd -l vf=5g -P HUMDnab -q bc.q'"
alias app="ssh software-install"
alias cmd="vi $githome/CommonCMD"
alias qj="qstat -j"
#alias cgs="ssh lizhixin@hpcf.cgs.hku.hk -p 22"
alias cgs="ssh lizhixin@hpcf2.cgs.hku.hk -p 22"
alias gitpush="git add . && git commit -m 'change' && git push"
alias nb="jupyter notebook"
alias cls='tput reset'
alias egrep='egrep -G'
alias fgrep='fgrep -G'
alias grep='grep -G'
alias l.='ls -d .* -G'
alias ll='ls -l -G'
alias ls='ls -G'
alias vi='vim'