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【生信】简单的 GDS (GEO DataSets) 查询统计工具

旧时模样 提交于 2020-11-18 00:05:16
背景 写了个 GDS 的查询工具,主要用于检索式检索结果的空间与数量分析,毕竟循证理念嘛,荟萃全球资源,自己是否已经做到了呢?这就需要对自己检索到的数据集的源头进行定位、统计和分析,通过喜闻乐见的 html 可视化报表形式呈现,以确定是否需要对检索式进行改进。 功能 根据检索式检索 GSE 数据集并批量查询元数据,统计 GSE 数据集所来自的国家和城市。高级功能正在逐步开发。 食用方式 从 我的仓库 下载好项目文件。 任意文本编辑器打开 XML 文件进行编辑,按照示例格式填入自己的检索式,支持多条。需要注意的是浏览器有迭代次数的限制(比如3000),检索的结果数不宜过千,否则被浏览器检测到潜在的“无限循环”,可能会启动保护机制终止程序运行,得到空白网页。目前还没有研究解法。 xsltApplySequenceConstructor: A potential infinite template recursion was detected. You can adjust xsltMaxDepth (--maxdepth) in order to raise the maximum number of nested template calls and variables/params (currently set to 3000). Chrome 浏览器关闭安全模式( chrome