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Multi-batch TMT reveals false positives, batch effects and missing values (多批次TMT定量方法中对假阳性率,批次效应,以及缺失值的研究)(解读人:胡丹丹)

こ雲淡風輕ζ 提交于 2019-12-01 18:27:43
文献名: Multi-batch TMT reveals false positives, batch effects and missing values (多批次TMT定量方法中对假阳性率,批次效应,以及缺失值的研究) 期刊名: Molecular & Cellular Proteomics DOI: 10.1074/mcp.RA119.001472 Online: https://www.mcponline.org/content/early/2019/07/22/mcp.RA119.001472 单位: 英国邓迪大学 摘要: 在蛋白质组定量领域,目前已经有多种蛋白定量方法,有标定量的TMT,ITRAQ,IBT等等,无标定量DIA,pSMART,Boxcar等等,各个方法各有优劣,标记的定量方法优点是定量相对准确,数据分析容易,不依赖预先建库,然而缺点是通量低,费用高。无标定量方法优点是通量高,无需同位素标记试剂,相对费用低,操作简单,缺点是需预先建库,而且数据分析相对困难。在这篇文章中,作者就尝试使用多批次TMT的定量方法,阐述方法的缺失值,批次效应,假阳性率等的问题来探究其可行性。 研究背景: 文中采用的样本是诱导性多能干细胞(iPSC),作者采用了10标TMT技术,并用MS3的报告离子定量,并跑了24批样本,每批10个样本,包含1个质控样本和9个不同来源的样本,总共跑了