全基因组测序

WGA(全基因组扩增)技术

岁酱吖の 提交于 2019-12-12 20:38:08
作为一种增加有限DNA量的方法,全基因组扩增技术于1992年出现,该方法特别适于法医学鉴定和遗传疾病的研究,以及如二代测序技术和CGH阵列(比较基因组杂交)等新技术应用,后者的主要难题就在于DNA样本数量有限,但分析需求量又很可观。目前业界已经开发出多种WGA技术,它们之间的实验方案和复制准确度有所不同。 业界已经开发出多种WGA技术;不过这些技术在其扩增准确性和易用性等方面有所区别。多重置换扩增(MDA)的WGA技术,能够提供无偏差的准确全基因组扩增 基于PCR的WGA技术 : 基于PCR的WGA技术主要有两种: 简并寡核苷酸PCR (DOP-PCR)技术(1) 和 扩增前引物延伸 (PEP)技术(2)。 这两种技术之间的主要区别在于PEP技术使用 随机引物和低PCR退火温度 ,而DOP-PCR技术则使用 半简并寡核苷酸 (例如CGACTCGAGNNNNNNATGTGG)和 更高的退火温度 。 两种方法中都使用了 Taq DNA聚合酶 ,使得扩增长度限制在3 kb(平均片段长度为400–500 kb)以内,并且会在扩增序列中引入一些错误。 不仅如此,有研究发现这些技术的基因组覆盖度不够完整,并会在 扩增中产生偏向性 ——由于引物优先结合某些特定区域,造成DNA扩增产物中的一些序列相对增多。 多重置换扩增的WGA技术 多重置换扩增(MDA)的恒温基因组扩增技术,该技术包含了