Convert co-occurrence matrix to dissimilarity matrix for MDS in scikit-learn
来源： https://stackoverflow.com/questions/61219876/convert-co-occurrence-matrix-to-dissimilarity-matrix-for-mds-in-scikit-learn
mds
Convert co-occurrence matrix to dissimilarity matrix for MDS in scikit-learn
来源： https://stackoverflow.com/questions/61219876/convert-co-occurrence-matrix-to-dissimilarity-matrix-for-mds-in-scikit-learn
resolve metaMDS error : “veg_distance” not available for .C() for package “vegan”
问题 I keep getting the following error when trying to run metaMDS() from the vegan package: my_mds <- vegan::metaMDS(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=TRUE) Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N * : "veg_distance" not available for .C() for package "vegan" I have tried: 1. searching online for this error - which yields zero results 2. reducing the size of my data frame to 17 rows and 12 columns 3. clearing all packages from
cephfs文件系统环境搭建介绍
cephfs文件系统环境搭建介绍 一、cephfs简介。 cephfs是一个基于ceph集群且兼容POSIX标准的文件系统。创建cephfs文件系统时需要在ceph集群中添加mds服务，该服务负责处理POSIX文件系统中的metadata部分，实际的数据部分交由ceph集群中的OSDs处理。cephfs支持以内核模块方式加载也支持fuse方式加载。无论是内核模式还是fuse模式，都是通过调用libcephfs库来实现cephfs文件系统的加载，而libcephfs库又调用librados库与ceph集群进行通信，从而实现cephfs的加载。cephfs整体框架图如下图所示。 二、cephfs搭建过程。 ceph官方文档上对cephfs的搭建过程描述的及其简单且只介绍了通过ceph-deploy方式搭建mds。对于没有使用ceph-deploy方法进行ceph集群部署的情况来说，就的按照下述的方法进行手动配置。 1、创建mds工作目录。 #mkdir -p /var/lib/ceph/mds/mds.0 2、修改ceph集群的配置文件/etc/ceph/ceph.conf文件，在该文件中添加mds的相关内容。具体添加内容如下： [mds] mds data = /var/lib/ceph/mds/mds.$id keyring = /etc/ceph/ceph.mds.$id
ceph集群删除mds服务
由于环境从Hammer版升级到Jewel版，之前Hammer版上有MDS服务，但是没有实际用途，升级到Jewel版后，由于不再适用MDS服务了，因此想把MDS整个干掉。并且由于MDS未启动，因此当前ceph集群的状态一直是HEALTH_WARN状态，看着很是不爽。 删除MDS服务步骤如下： 1、停止mds进程。 #/etc/init.d/ceph stop mds 2、将mds服务标识成失效。 #ceph mds fail 0 3、删除cephfs文件系统。 #ceph fs rm cephfs --yes-i-really-mean-it 4、查看ceph集群状态。 #ceph -s 此时看到ceph集群的状态应该是HEALTH_OK的。 来源： oschina 链接： https://my.oschina.net/u/206258/blog/685986
ceph的数据存储之路(11)----- cephfs 文件系统
cephfs 文件系统 cephfs 文件系统的使用： 1.首先你要搭建一个ceph集群。如何搭建ceph集群在前面已经介绍过了。如果要使用cephfs文件系统，则必须要有管理文件元数据的mds节点。 2.在集群上创建文件系统， root@cephmon:~/ceph/ceph-0.94.2/src# ./ceph fs new cephfs2 cephfs_metadata cephfs_data *** DEVELOPER MODE: setting PATH, PYTHONPATH and LD_LIBRARY_PATH *** new fs with metadata pool 2 and data pool 1 fs new 表示需要创建一个新的文件系统。 cephfs2 表示新的文件系统的名字叫做cephfs2。 cephfs_metadata 表示文件系统元数据保存信息的存储pool。 cephfs_data 表示文件系统的数据保存信息的存储pool。 如果我再新建一个文件系统cephfs3，则会出现如下提示： root@cephmon:~/ceph/ceph-0.94.2/src# ./ceph fs new cephfs3 fsmeta fsdata *** DEVELOPER MODE: setting PATH, PYTHONPATH and LD