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一文读懂长非编码RNA（lncRNA）的分类、功能及测序鉴定方法

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RNA的重要调控功能发现历程（Rinn et al. Annu Rev Biochem, 2013）长非编码RNA，英文名为long noncoding RNAs，缩写为lncRNA ，是指长度大于200 核苷酸的非编码RNA。LncRNA因具有非常重要的调控功能，且几乎参与到了各种生物学过程和通路，与各种疾病的发生发展紧密关联，从而成为过去几年和将来的研究热点和重点。对于人类基因组来说，产生的lncRNA数量比编码RNA的数量要多得多，目前除了少数lncRNA的功能比较明确外，大部分lncRNA的功能都还未知。非常值得去深入研究。 <更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www.aipufu.com> 根据基因组上的位置关系， lncRNA主要可以分为以下三大类（如下图所示）： 1、Intronic lncRNA，内含子lncRNA：主要产生于编码基因的内含子区域； 2、Intergenic lncRNA，基因间区的lncRNA，也称作lincRNA：主要产生于两个编码基因的中间区域； 3、Antisense lncRNA，反义lncRNA：主要产生于编码基因的反义链；具体如下图所示：按基因组上lncRNA的产生位置来分类（Scheuermannet al. The EMBO Journal ,2013）

11小组第二次博客作业

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第一部分一、简要综述以往和现在研究： 1.少量研究：the literature concerning ...(论文要开展的工作)is rare/few/little 2.在过去的一段时间：in the past few years, 3.花式夸过往研究：The success of present work has driven( a lot of downstream applications) 4.越来越受到关注：It has attracted tremendous attention recently due to..., has attracted considerable research attention 5.提出自己的观点常用句式：We aim to//This paper reports on//This paper provides results//This paper extends the method//This paper focus on……The purpose of this paper is to……Furthermore, Moreover, In addition, we will also discuss…… 6.某方法很重要：make a vital difference to 7.“揭示”“表明”：discover

14组第二次作业

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一、简要综述以往和现在研究： 1. 最初的研究： The initial studies on . ; While .. ..was divided into.. ..in initial studies in the literatureIn the study mentioned above; 2.绝对不能全面否定前人的成果，即使在你看来前人的结论完全不对。这是对前人工作最起码的尊重，英文叫做给别人的工作credits.所以文章不要出现非常negative的评价，比如Their results are wrong, very questionable, have no commensence, etc.遇到这类情况，可以婉转地提出：Their studies may be more reasonable if they had……considered this situation.Their results could be better convinced if they……Or Their conclusion may remain some uncertanties. 3.某方法在某领域的普及程度Recently, A have pervaded many areas of B ranging from C to D. 4. 总结以前的研究，使读者了解研究的现状；

三组论文写作第二次博客作业

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一、简要综述以往和现在研究：上来直接某种问题的缺点：..are two issues that tend to be neglected when .. 写作贡献：To fill this research gap,we develop two novel.. The main innovation of this paper is .. 实验结果的优越表现：Empirical results indicate the statistical superiority of the proposed algorithm over several.. 综合了方向：In this paper,we recognize a few recent efforts and discuss a number of viable directions for.. 对结果的自信：.. is found to produce satisfactory results on all problems considered in this study. 长者的问候：These studies should encourage researchers to use and pay further attention to the growing interest in.. 二、重点回顾与本工作相关的研究：

数字图像杂谈

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一、数字图像 A、图像分辨率 B、图像颜色通道数 C、图像颜色深度 D、彩色图像模式二、图像几何变换 A、平移 B、旋转 C、镜像 D、缩放三、图像数学变换 A、傅立叶变换 B、离散余弦变换 C、小波变换 D、霍特林变换 E、沃尔什变换四、图像增强 A、空间域增强、频域增强 B、平滑（低通滤波器）、锐化（高通滤波器）、灰度变换五、形态学处理 A、膨胀 B、细化 C、腐蚀六、图像分割与特征提取 A、阈值分割 B、算子边缘分割 C、边界跟踪 D、区域生长八、图像识别与图像配准：模板匹配九、图像复原十、图像压缩与编码来源： https://www.cnblogs.com/amosyang/p/11733972.html

14-2

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块级标签： div（白板）标签之间可以嵌套为什么要有标签？标签存在的意义：定位操作， css操作， js操作 chrome审查元素的使用 - 定位 - 查看样式用id定位 <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Title</title> </head> <body> <p id="p1">hello world</p> <div id="i1">qwert</div> </body> </html> 打开页面->Inspect->Console, document.getElementById('i1').innerText "qwert" document.getElementById('i1').innerText="asdfg" "asdfg" 定义位置: 右上角 <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>Title</title> </head> <body> <p id="p1">hello world</p> <div id="i1" style="position: fixed;top: 0;right: 0;">qwert</div> </body> <

第19组学术论文第二次作业

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一、简述以往和现在研究：　　相关工作：the lines of work mostly related to our work include ...; 　　某方法很重要：of paramount important 　　和以往工作做对比：Unlike the existing...; outperform; many recent works focus on...; 　　提出方法：We propose ... ， a new ...；We introduce...; We develop and evaluate 　　相关研究得到了极大的发展：... has seen significant advancement；... have gained remarkable advances in...; 　　据统计：as statistics shows；　　大量的：large amounts of; a large portion of; 　　文章组织结构：the rest if this paper is organized as follows; 　　其他：to the best of our knowledge; Details on xx and xx are discussed in later sections. 二、重点回顾与本工作相关的研究：　　本文贡献总结

蛋白组学定量值得比较说明

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1. Maxquant的iBAQ和LFQ，该用哪个？我们使用Maxquant做Label Free蛋白质组学定量分析的时候，在Maxquant的参数设置时，会遇到两个参数，LFQ和iBAQ，那么，选择哪个好呢？如果你都选上，在最终的proteingroups.txt中，会出现三列：Intensity、IBAQ、LFQ intensity，这三列中的数字，也就是蛋白的定量强度，并不一样，那么，到底那一列比较准呢？首先，让我们来看一下三者的计算原理是什么？ > Intensity是将某Protein Groups里面的所有Unique和Razor peptides的信号强度加起来，作为一个原始强度值。 > iBAQ是在上面的基础上，将原始强度值除以本蛋白的理论肽段数目。 > LFQ则是将原始强度值在样本之间进行校正，以消除处理、上样、预分、仪器等造成的样本间误差。假设有两个蛋白，A和B，A和B在样本中的量是相等的，也就是等量。假设A的长度是10个肽段，B的是100个肽段，假设鉴定结果中，覆盖度都是30%，那么蛋白A的强度是3，B的是30,。这时候我们对比一下，B是A的10倍，但是，A和B原本是相等，这样就存在较为严重的误差。这时候，如果我们将其原始强度值除以理论肽段数目，A的强度变成了3/10, B的强度变成了3/10。 A = B，Perfect！

Journal of Proteome Research | Current understanding of human metaproteome association and modulation（人类宏蛋白质组研究近期综述）(解读人：李巧珍）

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文献名： Current understanding of human metaproteome association and modulation（人类宏蛋白质组研究近期综述）期刊名： J Proteome Res 发表时间：（ 2019 年 10 月） IF ： 3 .78 技术：宏蛋白质组综述一、概述：（用精炼的语言描述文章的整体思路及结果）过去的十年中，宏蛋白为人们更好地了解微生物组的功能特征提供数据。尽管已经有高通量宏蛋白质组的数据，但是对其功能的认识还不清楚，最重要的是，这些蛋白质分子在宿主的确切结果、潜在的机制了解不足。在这里，我们探讨宏蛋白质组研究的最新进展、可能的调控机制、宏蛋白质组的生物特征、挑战和未来前景。二、研究背景：（简要介绍研究进展动态、研究目的和意义）在过去十年中，多项研究提供了人类肠道微生物多样性的有力证据。数据驱动性的研究表明肠道菌群与宿主平衡共生。肠道微生物为宿主提供包括免疫引发、新陈代谢的效应物、防止病原体。相反，这些微生物的失调与多种疾病有关，例如炎症性肠病（ IBD ）、 1 型糖尿病（ T 1D ）。基于 16S rRNA和宏基因组方法建立了核心微生物分类数据库。对于这些数据库的分析，不仅为肠道微生物的复杂性提供见解，还能明确多样性对宿主的影响。宏蛋白质组学是研究整个微生物群落的蛋白质

文献解读-eQTL-利用癌症公共数据库研究lncRNA (1)

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转自生信草堂 https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNzgyNDAxMg==&mid=2247485450&idx=1&sn=b7ffbd251ca8eb34933931dd8cdbd15d&chksm=e85a10e9df2d99ff905857cc131fb269d207038e30668c86eb09c4741a23d96a0eebdbb79b3d&scene=21#wechat_redirect lncRNA功能和机制的研究，成为了现如今科学界的“新宠”。超高的关注率，说明在这个领域能发表一篇高水准的科学论文，需要付出更多的努力和超前的思路。今天，就为大家带来 Nature Genetics 的一篇关于 lncRNA 的文章，让小编给大家一步步解释作者是如何通过整合公共数据库的结果，验证了作者的科学假设，发表了大 NG 。简单介绍论文题目：Modulation of long noncoding RNAs by risk SNPs underlying genetic predispositions to prostate cancer 发表杂志：Nature Genetics 发表年份：2016年10月影响因子：27.959 文章解读这篇文章中，作者并没有自己进行测序，而是用一些新的思路和巧妙的构思，结合了前列腺癌

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