gse

最近接到粉丝提问，感兴趣的数据集做差异分析，发现很勉强，不好把握。因为我以前在生信技能树写过教程： PCA都分不开的两个组强行找差异是为何 ，所以征求我的意见。但是我很忙啊，所以就把这个数据集安排给了实习生和学徒。我一直强调，做表达矩阵分析一定要有三张图，见： 你确定你的差异基因找对了吗？ ，基本上看到这3张图，就明白问题出在哪里了。 粉丝求助的数据集介绍如下： 小白菊内酯处理人胆管癌细胞的基因变化 药物处理：小白菊内酯 Platform：GPL6102 Series：GSE22633 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE22633 第一步是下载数据 rm(list = ls()) ## 魔幻操作，一键清空~ options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型 # 注意查看下载文件的大小，检查数据 f='GSE22633_eSet.Rdata' library(GEOquery) # 这个包需要注意两个配置，一般来说自动化的配置是足够的。 #Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')

背景 写了个 GDS 的查询工具，主要用于检索式检索结果的空间与数量分析，毕竟循证理念嘛，荟萃全球资源，自己是否已经做到了呢？这就需要对自己检索到的数据集的源头进行定位、统计和分析，通过喜闻乐见的 html 可视化报表形式呈现，以确定是否需要对检索式进行改进。 功能 根据检索式检索 GSE 数据集并批量查询元数据，统计 GSE 数据集所来自的国家和城市。高级功能正在逐步开发。 食用方式 从 我的仓库 下载好项目文件。 任意文本编辑器打开 XML 文件进行编辑，按照示例格式填入自己的检索式，支持多条。需要注意的是浏览器有迭代次数的限制（比如3000），检索的结果数不宜过千，否则被浏览器检测到潜在的“无限循环”，可能会启动保护机制终止程序运行，得到空白网页。目前还没有研究解法。 xsltApplySequenceConstructor: A potential infinite template recursion was detected. You can adjust xsltMaxDepth (--maxdepth) in order to raise the maximum number of nested template calls and variables/params (currently set to 3000). Chrome 浏览器关闭安全模式（ chrome

用户背景：浙江美术馆坐落于杭州市南山路西子湖畔，每年举办各类展览50个左右，公共教育活动近300场次，已成为大众享受公共文化服务的重要场所。2011年，浙江美术馆成为国际现当代美术馆协会成员馆。2015年，成为国家重点美术馆。 用户要求：浙江美术馆目前已拥有近2万件不同种类的美术藏品。为了适应线上和移动新媒体的需求，馆方决定进一步对藏品进行数字化，需要稳定性可用性高的NAS存储实现这一目标。馆方之前引进的Infortrend存储，十年来从未出现过故障，无需人工维护超过800000小时的表现给馆方留下了深刻的印象。因此新的数字化项目决定继续采用Infortrend的统一存储GSe。 解决方案：GSe 2000高可用性统一存储，使用12颗SAS 4TB 配置成RAID 6，采用10GbE (SFP+)主机通道。搭建NAS环境下的高效大容量存储用于美术馆图片文档的集中化管理和存储。 方案优势： 1.与其他从开源架构搭建起来的NAS存储不同，GSe的RAID底层架构完全由Infortrend自主开发，整个存储架构全部集成在控制器，嵌入式的存储系统更加稳定，性能也更出色。 2.Infortrend在设计、供应商选择、生产和服务质量等方面严格执行全面质量管理体(TQM)，硬件品质可靠耐用，经过高低温老化等多项测试，保证硬件能够长期使用。 3.GSe固件集成docker平台

一 文献题目： Single-cell RNA-seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral sclerosis. 不想看英文题目： SOD1突变小鼠脑干的单细胞RNA序列分析揭示了肌萎缩性侧索硬化的细胞类型和途径。 背景： 肌萎缩性侧索硬化症（ALS）的发病机制涉及多种细胞类型（例如星形胶质细胞和小胶质细胞），为了确定哪一种细胞类型影响ALS，使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法进行鉴定。 杂志和影响因子： Neurobiol Dis（IF： 5.16） 样本量： 两只SOD1(G93A) 突变的转基因小鼠，以及两只年龄匹配的野生型小鼠。分别从突变型和野生型小鼠中分离出3199 和1894个细胞。 分析方法： 通过查找细胞簇内突变细胞和野生型细胞之间的差异表达基因（DEG），鉴定单细胞中ALS相关的基因。使用KEGG，Reactome，BIOCARTA和Gene Ontology数据库对差异表达基因进行注释。最后将已发表肌萎缩性侧索硬化症的GWAS文献和单细胞测序鉴定出来的差异表达基因进行重合，进一步确认可能与肌萎缩性侧索硬化症相关的基因 结论：

想要游戏火爆，热度经久不衰，联机必不可少。而联机游戏对于游戏低延时、服务稳定、成本控制有很高的要求，对于研发、运维挑战很大。 腾讯游戏服务器引擎（Game Server Engine，缩写GSE），支持有状态的游戏服务部署和扩缩容，实现服务发现、高效灵活的服务器伸缩和就近调度的能力，帮助开发者快速构建稳定、低延时的多人游戏的部署环境，并节约大量的运维成本，下 文将为大家全方位讲解和分析。 一、联机对战类游戏的需求 联机对战类包含FPS、MOBA、休闲IO、体育竞技、棋牌、策略等需要与人一起玩，一定时间就结束的游戏。 1. 游戏低延时，保障更多玩家流畅的体验 全球玩家分布广泛，而服务器集中部署，会使部分地区网络体验差，游戏体验受到影响，这也是部分地区玩家数量相对较少的一个原因。 有没什么办法，可以降低延时，尽量让更多玩家加入进来呢？ 通常采用就近调度，或者全球加速（集中部署在一个点，各个区域到此点进行加速）的策略，可以让网络延时达到一个优化。对于实时性非常敏感的游戏来说，就近调度效果更明显。 不过就近调度也有几个棘手的问题： 方案一：业务部署在多个区域，玩家就近在一个区域完成匹配和对战。 问题：某个区域的玩家相对较少，可能匹配不到相应等级的人，最后所有玩家都集中到某个大区去了，实际上又变成了集中部署。 方案二：匹配在一个大区进行，集中匹配，对战的时候就近分配到不同的地区。 问题

一 文献题目： Genome-wide DNA methylation profiles of low- and high-grade adenoma reveals potential biomarkers for early detection of colorectal carcinoma 不想看英文题目： 全基因组DNA甲基化揭示了大肠癌早期检测的潜在生物标志物 杂志和影响因子： Clin Epigenetics (IF: 5.496) 样本量： 20个control样本（从腺瘤患者组织中提取的正常组织），18个低度腺瘤，22个高度腺瘤，以及从GEO 数据库挖掘的278个正常样本，51个腺瘤样本和504个癌症样本。 分析方法： 使用GenomeStudio处理甲基化原始数据，软件包pROC区分正常组织、LGA组织、HGA组织和CRC组织的高甲基化和低甲基化位点，使用R函数princomp进行PCA分析，使用KEGG和GO进行富集分析。 结论： 研究发现，在低度腺瘤和高度腺瘤患者中，分别有209和8692个CpG 位点呈超甲基化，通路分析表明早期腺瘤甲基化变化主要与神经系统相关，ADHFE1启动子区域的DNA甲基化最有可能成为大肠腺瘤和大肠癌的早期诊断生物标志物。 数据GEO登录号： GSE139404 文章链接： https://www.ncbi.nlm.nih.gov

作业要求： 本流程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 数据地址：GSE81916 作业：看文章的method，记下所用软件和参数，理解GEO/SRA数据的数据存放形式 具体步骤 【1】找到数据地址：GSE81916 文献检索途径：谷歌学术、SCI-HUB AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 文章中提示数据地址是GSE81916 【2】在NCBI的GEO中下载数据 有很多种方法 方法1 ：NCBI---SRA数据库---搜索GSE81916---找到SRA---点击SRP075747---选择全部文件---send to ---file---format:Runinfo---creat file即生成了一个SraRunInfo.csv文件，打开该文件，查看SRR0000000标号是多少，然后 编写脚本，批量下载 # 编写脚本，批量下载 for i

{***第八单元ldap网络帐号***} 1.ldap是什么 ldap目录服务认证，和windows活动目录类似，就是记录数据的一种方式 2.ldap客户端所需软件 yum sssd krb5-workstation -y 3.如何开启ldap用户认证 authconfig-tui ldap的tls证书缺失，需要到服务器端下载所需要的证书到/etc/openldap/cacerts, 下载证书： wget http://172.25.254.254/pub/example-ca.crt 重新执行 authconfig-tui 脚本： vim set-ldap.sh chmod +x set-ldap.sh sh set-ldap.sh 测试 getent passwd ldapuser1 若用户信息可以正常显示，证明客户端认证成功 列出所有用户 vim /etc/sssd/sssd.conf 16 enumerate = Ture :wq systemctl restart sssd 4.自动挂载用户家目录 [**autofs自动挂载用户家目录服务**] 1.服务功能 默认使用 mount挂载共享时当不使用共享也会处于挂载状态浪费共享服务器资源 autofs可以实现当使用时自动挂载，当闲置时自动卸载 2.安装服务 yum install autofs -y systemctl