gene ontology

20200510文献速递

坚强是说给别人听的谎言 提交于 2020-08-20 03:39:48
一 文献题目: Single-cell RNA-seq analysis of the brainstem of mutant SOD1 mice reveals perturbed cell types and pathways of amyotrophic lateral sclerosis. 不想看英文题目: SOD1突变小鼠脑干的单细胞RNA序列分析揭示了肌萎缩性侧索硬化的细胞类型和途径。 背景: 肌萎缩性侧索硬化症(ALS)的发病机制涉及多种细胞类型(例如星形胶质细胞和小胶质细胞),为了确定哪一种细胞类型影响ALS,使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法进行鉴定。 杂志和影响因子: Neurobiol Dis(IF: 5.16) 样本量: 两只SOD1(G93A) 突变的转基因小鼠,以及两只年龄匹配的野生型小鼠。分别从突变型和野生型小鼠中分离出3199 和1894个细胞。 分析方法: 通过查找细胞簇内突变细胞和野生型细胞之间的差异表达基因(DEG),鉴定单细胞中ALS相关的基因。使用KEGG,Reactome,BIOCARTA和Gene Ontology数据库对差异表达基因进行注释。最后将已发表肌萎缩性侧索硬化症的GWAS文献和单细胞测序鉴定出来的差异表达基因进行重合,进一步确认可能与肌萎缩性侧索硬化症相关的基因 结论: