测序仪

测序： 　 　如何计算测序深度，或产出的数据量？ 　　　　10的9次方=1G 　　　　如果测序的read是pair-end的、且每条read长150bp，则，平均测序深度为=（reads数×150bp×2）/（3*10的10次方）。 　　　　　　即：测序得到的碱基总数/人类基因组的碱基对数=平均测序深度。 　　　　　　比如，我想得到30x的测序数据，那么需要的数据量是90G的数据。（此处，还不甚了解，我觉得应该是900G的数据啊） 　　　　　　（人类基因组有30亿个碱基对（3*10的10次方）） 　　　　 　　 　　 测序错误率 ：一般选择的阀值是10的-3次方，即测序错误率是0.001。（PCR的错误率是10的-6次方） 　　 coverage与depth的概念 ：coverage指的是测序数据覆盖的人类基因组的碱基数。depth指的是平均每个碱基被测序read覆盖的次数（即被测到的次数）。 　 　index的含义 ：index用来区分不同的样本。单端index共6个碱基，排列组合，共4的6次方个碱基，无法区分66个样本。故，需要采用双端index。 　　　　　　双端index，分为i5和i7端。i5端有8个碱基，i7端有12个碱基。 　　 测序的cycle ：一个cycle读取一个碱基。也称为：base call。若有index序列，则测序仪会多读几个cycle。 　　

买个什么样的测序仪? 已有 2610 次阅读 2019-7-16 14:26 | 个人分类: 生物科技 | 系统分类: 观点评述 | DNA , 测序仪 , 分子检测 近些年来，人类全基因组测序或全外显子组测序在临床上的应用越来越多，基因测序的价格越来越低，基因测序仪的也越来越便宜。许多大的医院也在开始考虑购买测序仪，建立自己的基因测序系统，用于各种相关疾病的基因检测和分子诊断。 有自己的测序仪当然是好事。但是，考虑到仪器价格昂贵，不容易操作，数据分析专业性极强等因素，因此，在花费数百万和数千万资金之前，还是要慎重考虑一下。因为，请专业测序公司来做的费用越来越低。 本文对市售的不同DNA测序仪的特性，有什么优点？缺点是什么？在什么情况和条件下，应该购买什么样的测序仪？做一简短回顾。 illumina HiSeq X Ten HiSeq X Ten实际上是十台HiSeq X组成。每个HiSeq X仪器可以运行两个流动槽，每个流动槽有8个泳道。每个泳道将产生380-450百万个150PE读数（paired-end 150bp）。预计将在计算系统上额外支付数百万元来处理数据流。保持流动槽有序运行不太容易，有时可能导致高达30％的“光学信号重叠，optical duplicates”（实际原因是从一个孔溢出到相邻的孔）。你可以达到每3天测定160个基因组。目前

2019年主流测序仪参数对比 已有 774 次阅读 2019-6-3 13:11 | 个人分类: biology | 系统分类: 科研笔记 大浪淘沙，好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里，还余下几家大的公司屹立在市场上，有的正在垄断市场（Illumina），有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio)，还有的是国产的希望(华大智造)。今天，让我们来再看一下它们主流机器的参数，来对比下机器的性能。 华大智造 在“川建国”同志的大棒下，贸易摩擦日益严重的今天，有必要支持一下国产测序仪，虽然不确定里面进口原器件占多少比例，至少它在今天还能为我们所用。听闻和Illumina已经开始诉讼大战，不知这一场该如何收场。虽然华大没有长读长的测序技术平台，不过我看到，其开发的和10X Genomics 超长Linked-Reads相媲美的技术（stLFR，）可以曲线实现读长的增长，虽然依然存在GC偏好性问题。在基因测序仪的认证方面，华大走在了前面，医院的应用正在增长，期待未来华大给我们更多的惊喜。 下面来看下华大的测序仪的性能信息： 来源，华大智造官网（ https://www.mgitech.cn/product/sequencer.html ） Illumina & PacBio Illumina已经收购了PacBio，成为兼有长短读长的公司