比对程序 Bowtie 的简单使用
主要简述 bowtie 的入门用法，完成从原始序列到最后mapping 之后的 sam格式文件。 参考文档 最重要的参考文档还是官方文档： Bowtie-mannual Getting started with Bowtie github-bowtie 文献 下载，安装 下载： bowtie-1.1.2 下载已经预编译好的软件即可。 安装： 先解压到一个文件夹 export PATH=$PATH:/home/user/bowtie/ 如果需要永久设置，需要把上面一行加到 ./bashrc 文件中即可 测试： 在任何目录下： $ bowtie # 会出现各种信息，用法等等 以下是比较简单的例子： 建立索引 $ bowtie-build tigr7.fq /media/文档/BowtieIndex/tigr7 # bowtie-build : 是建立 索引 # tigr7.fa : 是基因组序列 # /media/文档/BowtieIndex/tigr7 : 指的是输出的索引文件 放在 /media/文档/BowtieIndex/ 目录下，并且所有index文件的前缀名为 tigr7, mapping 把原始 fq 序列文件 mapping 到 参考基因组上，生成 sam 格式文件 /home/bowtie/bowtie -p 4 -x /media/文档/BowtieIndex