专家共识学习笔记
《全基因组测序在遗传病检测中的临床应用专家共识》 1:根据题目就知道专家们还是推荐全基因组测序，而不是全外显子，测序深度（通常>40X)，检测SNP、SV（包含CNV）以及线粒体变异 2:WGS可有效避免在相关基因组区域进行靶向富集时产生的技术偏差。在某些情况下不推荐使用WGS，如目标疾病致病基因的相当一部分变异类型不在WGS检测范围，例如Beckwith—Wiedemann综合征等基因印迹疾病;目标疾病致病基因存在同源区域等情况，如先天性肾上腺皮质增生(CYP21A2 基因相关)等。 3::WGS检测的局限性主要包括，(1)涉及高度重复或同源的基因组区域的检测及分析可能不准确。在染色体着丝粒DNA、着丝 粒旁的异染色质、端粒、亚端粒区问或线粒体基因 组等高度重复或同源的区间，较短的读长在与参考 基因组进行比对时可能存在不唯一性。这些区域还存在活跃的重组，也会增加比对难度。临床常见 的与高度重复或同源基因或基因组相关疾病包括耳聋(STRC基因相关)，先天性肾上腺皮质增生 (CYP21A2基因相关)，Lynch综合征(PMS2基因相关)等。（2)对于mtDNA变异识别存在局限性，需用特异性高的mtDNA检测方法进行验证。原因是线粒体基因组变异有杂质性的特点 由于线粒体基因组存在大量与核基因同源的序列，WGS 测序可能出现mtDNA变异假阳性