bedtools

bedtools 用法大全 bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力。 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示，用UCSC Genome Browser进行可视化比较。bedtools总共有二三十个工具/命令来处理基因组数据。 比较典型而且常用的功能举例如下： 格式转换，bam转bed（bamToBed），bed转其他格式（bedToBam，bedToIgv）； 对基因组坐标的逻辑运算，包括：交集（intersectBed，windowBed），”邻集“（closestBed），补集（complementBed），并集（mergeBed），差集（subtractBed）; 计算覆盖度（coverage）（coverageBed，genomeCoverageBed）； 好，言归正传，bedtools是非常多的工具的合集，有瑞士军刀的美誉。直接下载二进制版本软件就可以调用全路径来使用

原文： https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言： bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的！我这里用一个专题来讲解它的用法，其实它能实现的需求，我们写脚本都是可以做的，而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力。 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示，用UCSC Genome Browser进行可视化比较。bedtools总共有二三十个工具/命令来处理基因组数据。 比较典型而且常用的功能举例如下： 格式转换，bam转bed（bamToBed）， bed转其他格式（bedToBam，bedToIgv）； 对基因组坐标的逻辑运算，包括： 交集（intersectBed，windowBed），”邻集“（closestBed）， 补集（complementBed），并集（mergeBed），差集（subtractBed）; 计算覆盖度（coverage）（coverageBed，genomeCoverageBed）； 好，言归正传