The arrow is a border.
You need to change for each arrow the color depending on the 'data-placement' of the tooltip.
.tooltip.top .tooltip-arrow {
border-top-color: @color;
}
.tooltip.top-left .tooltip-arrow {
border-top-color: @color;
}
.tooltip.top-right .tooltip-arrow {
border-top-color:@color;
}
.tooltip.right .tooltip-arrow {
border-right-color: @color;
}
.tooltip.left .tooltip-arrow {
border-left-color: @color;
}
.tooltip.bottom .tooltip-arrow {
border-bottom-color: @color;
}
.tooltip.bottom-left .tooltip-arrow {
border-bottom-color: @color;
}
.tooltip.bottom-right .tooltip-arrow {
border-bottom-color: @color;
}
.tooltip > .tooltip-inner {
background-color: @color;
}