Centos7下安装Relion

匿名 (未验证) 提交于 2019-12-02 23:43:01

1.Virtual Box

虚拟机选择使用Virtual Box,百度搜索进入官网下载页面


本机系统是windows,所以选择windows版本下载

按照默认设置进行安装


这里我修改了自己想要的安装路径,按照默认路径也未尝不可


默认下一步,个人不太喜欢太多快捷方式,所以剔除了2、3项


网络功能安装警告选是


正式安装


安装完成

2.Centos7

百度搜索Centos,进入官网下载页面


选择DVD ISO,这一版本资源会更全面,要安装带界面的Centos7推荐下载该版本


选择aliyun的镜像,64位DVD版Centos7,除了下载速度不同,应该差别都不大

打开Virtual Box,新建虚拟机,名称自拟,文件夹位置按照默认的即可(取决于Virtual Box的安装路径)


内存分配大一点使用起来会流畅很多,习惯2G


虚拟硬盘的分配看自己需要




这里建议空间可以多分配一些,16G或者20G都不为过,如果有打算长期使用的话


创建完成后,进入设置--网络,默认网络地址转换(NAT)


进入存储,找到下载好的Centos7的iso文件(我这里下载的1708版本比较早,所以和上面的1810不一致,但基本一样)


完成后启动虚拟机,开始进行系统安装

启动完成,选择第一个进行系统安装


拉至底部选择中文


进入安装位置选择自动配置分区,点击完成



进入网络和主机名,打开网络连接



要安装可视化界面,就要进入软件选择,选GNOME桌面


然后开始安装


设置ROOT密码



密码太短连按两次完成一样可以通过
接下来等待安装完成即可



重启,第一次进入系统还需要进行初试设置


点击第一个完成同意许可



我这里不创建新用户,直接以管理员root登录,所以点完成配置即可
然后会进入到用户配置,选择汉语


输入法也按照默认


继续按照默认前进


时区这里我选择了香港,因为本身位于珠三角地区


在线账号跳过


关于您的信息按照自己的填写即可


这个时候等于是间接给你开了一个新的用户,而不是管理员用户root


然后开始进入到Centos系统中


因为前面说到要用管理员身份进入系统,这里就切换一下用户


点击注销,选择未列出


管理员用户名为root,密码为安装系统时你设置的密码



登录,管理员用户还要进行一次用户设置,设置完以后就不用了


在管理员用户下,很多操作都会更加方便,不用另外申请权限

3.Relion

网上关于Relion下载和安装的文章不多,Centos下的更是少,但其实我们只需要按照Relion官网给的教程来,再解决一些安装过程中遇上的小问题即可

首先我们在应用程序中打开火狐浏览器,百度搜索relion


进入Relion的官网


可以看到有关于下载和安装的教程


Relion的资源文件在github上,我们可以通过git克隆到本地


现在我们尝试一下到主文件夹的下载目录下进行操作


打开终端,输入git命令,发现系统本身没有安装git

git clone https://github.com/3dem/relion.git


我们需要先安装一下git

操作很简单,在桌面打开终端,从yum安装git:

 


此时发现yum被锁,最简单粗暴的方法,就是强制关掉yum进程
首先Crtl+C结束指令,再输入:

rm -f /var/run/yum.pid

然后就可以用yum了

git安装完成后,回到下载目录的终端,继续下载Relion

git clone https://github.com/3dem/relion.git



因为是刚刚下载下来的,也没有更新,所以不需要 git pull
到这里,Relion的资源文件已经下载到了本地的下载目录中,接下来可以进行安装(下载过程中可能因为网络问题无法下载,可以尝试重新下载)

按照安装教程,进入到relion的目录创建一个新的文件夹build,并在build目录终端运行cmake指令



发现没有找到cmake,需要安装

cmake ..

同样是到桌面终端,利用yum下载安装cmake

yum install cmake


安装完成后,可以通过查看其版本确定是否安装好

cmake --version


回到build目录下的终端,再次运行cmake,发现报错


还是少安装了一些东西

参考孙亚文的文章,在桌面终端安装mpi,fftw和fltk

sudo yum install openmpi-devel fftw-devel fltk-devel


安装完成后,再次回到build目录终端下运行cmake


此时发现仍然有错误,但已经减少了很多
其中CUDA的问题涉及到显卡,但是虚拟机与主机不太一样,没有找到很好的解决办法,然后先跳过,解决下一个问题,也就是MPI_C的

在前面的时候已经有下载mpi,但是报MPI_C的错,应该就是没有配置好的关系或者是mpi有问题,索性重新安装
在下载目录终端,下载oepnmpi

wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.0.tar.gz


解压openmpi

tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz

解压完成后,安装openmpi
进入openmpi-3.1.0目录下终端

./configure

make && make install


到桌面的终端,先查看一下openmpi的位置

whereis openmpi


找到位置后去修改配置文件

vim ~/.bash_profile


按I键开始插入,移动到最后的位置回车,在下一行即文末添加路径

export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib


按Esc后输入:wq保存修改


使用source命令激活修改

source ~/.bash_profile

验证安装,进入到openmpi-3.1.0的目录下,找到examples并进入,终端运行:

make

./hello_c


然后回到桌面终端安装g++

yum install gcc-c++

完成前面的工作后,回到build目录,终端执行

cmake ..


这下终于没有报错了,build目录下也出现了文件makefile,说明cmake配置完成

cmake配置完成后,在build目录终端使用make为安装Relion设置进程数

make -j4


到这里,Relion已经可以安装了,因为没有fltk,所以不能使用GUI,在cmake中省略GUI(如果不进行这一步直接安装将会报错,因为没有fltk)

cmake -DGUI=OFF ..


然后安装

sudo make install


到这里,Relion已经安装完成了,回到桌面终端可以测试一下

relion

Relion还有各种配置,在官方文档上可以了解的到。对于有专业需要的使用者来说,虚拟机上安装Relion可能有些时候会满足不了,因为Relion有GPU的加速能力,主机上使用可以配置更好的性能,但由于本人不是专业的,所以就止步于此了,希望能帮到各位。文中可能存在一些冗余操作,请大家谅解,有发现的可以在评论区留言,为后面的使用者提供便利,谢谢。

文章参考:
Relion Download & install
RELION-3.0的安装-孙业平科学网博客
CentOS 7安装OpenMPI-莫邪莫急的博客

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