首先，必须要有一个主程序集（exe 或 dll 都可以），就是把附加的程序集都整合到这个程序集中。附加的程序集可以以嵌入的方式或者整合的方式。若选择整合的方式，建议勾选仅整合（不保护）。设置分为常规设置，保护设置，软件限制设置等。除了主程序集及其附加程序集（主要是dll文件）的设置以外，还有证书管理和.net方法查看。
一、常规设置
主要包括压缩配置，界面风格配置，生成目标文件配置，启动是否显示加载界面配置。想要知道配置的具体功能可以用鼠标点击配置，下面的说明面板会出现对应的说明。
AutomaticExceptionHandling――自动捕获错误
Compression――压缩文件减少占用空间，网络环境下还可以减少带宽
ShowLoadingScreen――保护过的文件启动是否显示加载进度条（因为保护过的文件启动时会先执行.netreactor注入的代码，包括查找证书等）
DigitalCertificate――数字证书保护
EnableVisualStyles――是否启用系统界面风格
ForceAdminPrivileges――是否需要系统管理员权限运行
MergeAssemblies――是否允许整合dll
EmbedAssemblies――是否允许嵌入dll
StrongNameKeyPairFile――强签名程序集
TargetFile――生成目录
二、保护设置
主要配置软件的保护选项。
NecroBit――防止程序被反编译（比如.net Reflector)，但不支持.net Compact Framework
AntiTampering――防止黑客利用工具修改你的软件，运行前会进行二进制完整性检查
ResourceEncryption&Compression――压缩和加密托管资源，运行时会自动解压和解密资源
SuppressDecompilation/AntiILDASM――防止反编译和反汇编
NativeEXEFile――生成一个本地X86 exe文件作为根嵌入程序防止反编译
Pre-JITMethods――通过NativeEXEFile和NecroBit插件，将一些小方法比如getters/setters直接转化成机器代码，防止程序集被修改
NecroBit――用加密的代码替换CIL代码，阻止反编译
Obfuscation――替换变量名称，方法名称等来混淆代码
CreateMappingFile――允许创建混淆过字段对应的未混淆字段的映射文件
Enabled――混淆非punlic的类和成员的名称
ObfuscatePublicTypes――混淆所有类型和成员的名称
IncrementalObfuscation――智能地规定混淆后的名称
Exclusions――排除某个类型，不进行混淆
UseUnprintableCharacters――使用乱码进行混淆
ControlFlowObfuscation――一种混淆方式
StringEncryption――加密字符串
StrongNameReomovalProtection――强命名保护
三、软件限制设置
此设置就是限制软件的使用。包括限制使用次数，限制使用时间等。当达到限制条件时，就会弹出过期信息，需要许可证。注意：此配置对CompactFramework，Silverlight和Mono无效。
ExpireWhenAllExpired――是否全部文件过期时，才停止软件使用
InbuiltLock-EvaluationPeriod――限制软件持续使用时间
Inbuiltlock-ExpirationDate――限制软件使用天数
InbuiltLock-NumberofUses――限制软件使用次数
MaxNumberOfInstances――限制软件并发数量（同一台机器）
NagScreen――若没有许可证，软件启动时提示相关相关限制信息，比如“您已使用1次，最多使用10次”
RunAnotherProcessAfterExpiration――过期是否执行其他程序，通常运行付款程序
RunWithoutLicenseFile――是否需要许可证
ShutDownProcessAfterExpiration――当过期时是否关闭进程
StaticLicenseFileName――设置许可证的后缀名，当为空时默认搜索*.license的许可证，为防止冲突不允许以.LIC为后缀名
四、证书管理
当客户端软件使用过期时，此时就需要购买许可证文件。此界面就是用于生成许可证。生成许可证也可以配置，可以设置许可证的过去时间，使用次数，是否针对特定的电脑等。
其中针对特定的电脑需要使用HID工具获取特定电脑硬件对应的编码，然后再进行配置，HID工具在TOOLS->HardwareIDToolGenerator，会生成HID.exe，然后运行HID.exe会在同目录下生成一个硬件对应的编码文件。
五、.net方法查看
主要查看dll的执行方法名称。
六、制作简单许可证
在Main Assembly里打开可执行文件（Debug文件夹里exe文件）
单击Additonal Files中的Scan按钮，程序会将主程序中所调用到的DLL列举在此处
选择Settings选项卡，在Lock Settings里设置Run Without License File为False
在License Manager选项卡中Master Key中的Save按钮，注意：这个Key是我们的私钥，它与程序是一对一的，所以一定要保护好它。将来生成许可证时要用到
单击左侧Protect按钮，在Debug文件夹中生成加密后的文件
单击菜单中Tools->Hardware id tool generator，它能够取得机器ID生成器（HID.exe）。运行它可得到一个记录着机器ID的文本文件（HardwareID.txt）
选择License Manager选项卡中的Master Key中的Open按钮，打开之前保存好的私钥文件
展开License File Settings->Lock Hardware Lock，单击Hardware ID并输入