metaWRAP画图报错修正

关于metaWRAP

宏基因组分箱流程，可以通过比较多个分箱软件的结果来取最优，最近也有更新，conda可安装，自带kraken物种注释，可以进行重组装，很优秀。

安装和使用说明见：github

关于bug

在进行bin_refinement时，metawrap会绘制bin的完整度(completion)和污染(contamination)的折线图，以此评估各个软件的分箱结果。

如果在运行这步代码时出现报错：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/miniconda2/envs/metawrap/bin/metawrap-scripts/plot_binning_results.py", line 109, in <module>
    y_pos = data[bin_set][len(data[bin_set])*3/4]
IndexError: list index out of range

这种错误一般有两种可能：

找到的good bin只有一个，请参考Plotting error during bin_refinement #179
运行bin_refinement需要设定-c完整度和-x污染度的，如果存在.stats文件中满足这两个条件的bin个数为0，那么也会有这个报错

针对第二种情况的结局方案

修改plot_binning_results.py，加入bin个数是否为0的判断语句
100-111行修改：

# start plotting data
for rank, bin_set in enumerate(labels):
	if len(data[bin_set]) == 0:
		pass
	else:
		# chose a color!
		c=plot_colors[bin_set]

		# plot the data
		plt.plot(data[bin_set], lw=2.5, color=c)
	
		# add bin set label to plot
		y_pos = data[bin_set][len(data[bin_set])*3/4]
		x_pos=len(data[bin_set])*3/4
		plt.text(x_pos, y_pos, bin_set, fontsize=18, color=c)

190-201行同理

来源：https://blog.csdn.net/ruby912/article/details/100861351

标签

bin

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