GPU集群环境(CentOS 7.4)下NVbio的编译安装

0x01 环境

10节点CPU，GPU混合集群。其中四个GPU节点，使用Tesla P100。 基础操作系统为centos 7.4 x86_64。cuda 10.2，anaconda 4.3。

0x02 需求

在GPU节点上编译安装nvbio。

NVBIO是一款基于C++框架的GPU加速库，其能够对短和长读一致性进行>高吞吐量的序列分析，并且其模块库中包含数据结构、算法和使用的应用程序。通过NVBIO可以在CPU-GPU 和CPU-only上建立复杂的计算基因组学。

1. https://developer.nvidia.com/nvbio
2. https://github.com/NVlabs/nvbio

0x03 问题

从github上clone最新代码。 nvbio使用cmake编译，开始按文档进行，出错。

1. ... identifier __float2half_rn" is undefined ...
2. ... cuda - fatal error: cub/cub.cuh: No such file or directory ...

mkdir build
cd build
cmake ..
make -j8

0x04 原因

后来仔细检查了一下。

1. CentOS 上GCC版本太旧，4.8.3，不支持c++11规范。
2. 缺少cub库。

其他cmake参数：

-DGPU_ARCHITECTURE=sm_XX - default NVBIO will use sm_35.
-DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug

0x05 解决办法

1. 安装GCC8.3

#使用yum安装
sudo yum install centos-release-scl-rh
sudo yum install devtoolset-8-build
sudo yum install devtoolset-8-gdb
sudo yum install devtoolset-8-gcc devtoolset-8-gcc-c++
sudo source /opt/rh/devtoolset-8/enable

2. 下载cub

https://github.com/NVlabs/cub ，放到cuda/include下。

再次编译，正常。

0x06 参考

1. http://arnon.dk/matching-sm-architectures-arch-and-gencode-for-various-nvidia-cards/
2. https://docs.nvidia.com/cuda/archive/10.2/cuda-installation-guide-linux/index.html

来源：oschina

链接：https://my.oschina.net/hand/blog/4523453