stado

RDKIT+postgresql做化合物数据存储与查找

自古美人都是妖i 提交于 2020-05-07 17:44:30
RDKIT:     rdkit的安装与使用,直接conda instal rdkit,不行的话,使用源码安装,将RDKIT源码下载解压到acaconda的pkg目录下,打开cmd,进入pkg下的 rdki目录使用python setup.py install ,就可以安装好RDKIT,顺便提一下RDKIT有点未知性。。有时候代码这台机器能用,那台机器不能用。。    本次使用RDKIT主要是mol文件转成smiles文件,画出化合物的2D结构图,主要用到Chem下面的几个函数。    RDKIT文档: http://www.rdkit.org/docs/index.html postgresql:     postgresql是一款强大的开源数据库,对于原生的postgresql来说有很多强大的功能,比如自带分区,并行查询的功能。     postgresql也含有大量的插件,pg-xc,pg-pool,stado等,为postgresql的分布式部署提供了解决方案。    本次的数据是一个12TB 1E分子的化合物数据库,在我实践之下只选择了670M的数据。    整个项目的大体构思如下     数据库存储 关系型数据库,如MySQL,PostgreSQL     分布式存储 数据库查询 Map-Reduce分布式查询 PostgreSQL嵌入结构查询引擎,快速检索    

Exceptions when creating a trigger in PostgreSQL 9.1

自作多情 提交于 2019-11-27 16:25:59
I use PostgreSQL 9.1 with PostGIS 1.5. I'm trying to get this trigger function to work in terminal (Ubuntu): CREATE FUNCTION insert_trigger() RETURNS trigger AS $insert_trigger$ BEGIN IF ( NEW.id >= 10 AND NEW.id < 100 ) THEN INSERT INTO part_id_p10 VALUES (NEW.*); ELSIF ( NEW.id >= 100 AND NEW.id < 200 ) THEN INSERT INTO part_id_p20 VALUES (NEW.*); ELSE RAISE EXCEPTION 'id out of range. Something wrong with the insert_trigger() function!'; END IF; RETURN NULL; END $insert_trigger$ LANGUAGE plpgsql; i get this exceptions: SQLException: ERROR: Encountered "FUNCTION" at line 1, column 8.

Exceptions when creating a trigger in PostgreSQL 9.1

百般思念 提交于 2019-11-26 18:37:41
问题 I use PostgreSQL 9.1 with PostGIS 1.5. I'm trying to get this trigger function to work in terminal (Ubuntu): CREATE FUNCTION insert_trigger() RETURNS trigger AS $insert_trigger$ BEGIN IF ( NEW.id >= 10 AND NEW.id < 100 ) THEN INSERT INTO part_id_p10 VALUES (NEW.*); ELSIF ( NEW.id >= 100 AND NEW.id < 200 ) THEN INSERT INTO part_id_p20 VALUES (NEW.*); ELSE RAISE EXCEPTION 'id out of range. Something wrong with the insert_trigger() function!'; END IF; RETURN NULL; END $insert_trigger$ LANGUAGE