rstudio

安装R语言 我们使用apt的方式进行安装,步骤如下: 首先需要在/etc/apt/sources.list文件的末尾添加 deb https://<my .favorite .cran .mirror >/bin/linux/ubuntu artful/ deb https://<my .favorite .cran .mirror >/bin/linux/ubuntu xenial/ deb https://<my .favorite .cran .mirror >/bin/linux/ubuntu trusty/ 在/etc/apt/sources.list文件中，用您喜欢的CRAN镜像的实际URL替换 sudo apt- get update sudo apt- get install r- base # 需要从源代码编译R软件包的用户[例如软件包维护人员或任何使用install.packages（） # 安装软件包的人）也应该安装r-base-dev软件包： sudo apt- get install r- base -dev 之后为可选内容 Ubuntu的R软件包与Debian软件相似。您可以在位于 https://cran.R-project.org/bin/linux/debian/ 的Debian README文件中找到更多信息。

R语言入门1：安装R和RStudio 曹务强 中科院遗传学博士研究生 9 人赞同了该文章 1. Windows安装R 在Windows系统上，安装R语言比较简单，直接从 R的官方网站 下载，按照正常的软件安装流程点下一步即可。 2. Windows安装RStudio R语言自带的工作窗口界面非常不美观，用起来也非常不方便。于是有人发明了RStudio： RStudio是R语言的一种集成开发环境，它是免费自由软件。RStudio同时有桌面版和服务器版。RStudio基于C++开发，它的图形用户界面基于Qt。Rstudio使R更加方便和容易使用。 Windows操作系统下，安装RStudio也非常简单，从 官网 下载后直接安装即可。 3. Linux 安装R 要在Linux操作系统上安装最新版本的R，我们可以使用apt-get命令。但是，在这之前，我们需要更新系统的源文件。对于Ubuntu操作系统，不同的版本具有不同的源文件，我们需要先查看自己的操作系统版本，添加并更新相应的源文件后，才可以安装。 1. 查看Linux操作系统的版本 # 使用如下命令查看操作系统的版本 lsb_release -a 显示我的操作系统版本是Ubuntu 16.04，代码是xenial，根据 官方的安装文档 提示，我们需要在 /etc/apt/sources.list 中，添加相应的下载源： #

计算机资源准备 操作系统：mac、Linux（双系统或虚拟机） 配置：8G+内存，500G存储 配置举例： 内存 8G，DRR3-1600-16芯的4G内存条 2根 SSD 120G，特科芯 HDD 1T，希捷5200转 CPU P9600 需要安装的软件：sratoolkit, fastqc, hisats, samtools, htseq-count, R, Rstudio ubuntu操作系统准备 1 # 备份源文件，然后将默认镜像源改成清华源 2 $ 3 # 更新升级索引 4 $ sudo apt- get update 5 $ sudo apt-get upgrade # 创建软件下载目录src和软件目录biosoft（用于编译安装） $ cd && mkdir src && mkdir biosoft anaconda 简介：软件管家，快速便捷的安装软件，推荐 参考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567 http://python.jobbole.com/86236/ sratoolkit 作用：数据格式转换 介绍： sratoolkit的主要用途还是把NCBI SRA（Sequence Read Archive）数据库中的NGS序列数据从 sra 格式转换到 fastq 格式，以便于后续的数据分析。 功能：下载，操作

写在前面：本博客为本人原创，严禁任何形式的转载！本博客只允许放在博客园（.cnblogs.com），如果您在其他网站看到这篇博文，请通过下面这个唯一的合法链接转到原文！ 本博客全网唯一合法URL： https://www.cnblogs.com/acm-icpcer/p/11203182.html 这几天参加了学院组织的生物信息培训活动，有一个部分讲R语言入门，个人觉得受益良多，特将一些听课心得记录在此。 Introduction R语言本质上和python、matlab一样是解释型语言，与编译型语言不同，解释型程序设计语言交付编译器执行时是一条条执行的，也就是说边执行边检查语法错误，当某一句代码出错时，编译器直接跳过此句，继续向后执行；编译型语言则必须在提交执行之前通过编译器检查出源代码工程文件中的所有语法错误。解释型语言也可以在集成开发环境IDE中以命令行的形式一句一句输入执行。R语言是以统计为目的的语言，主要用于数据处理和统计绘图。 本文主要内容： 1 、获得R； 2 、 RStudio入门； 3 、R语法入门； 4 、R绘图入门。 1、获得R （1） 与python语言一致，获得R要先获得R的语言包： https://cran.r-project.org/ ，在此基础上再安装R语言的IDE （2） 安装集成开发环境RStuudio： https://www.rstudio

Spyder是做Python数据分析中很好用的一款类似Rstudio的IDE。为了给人营造出比较高大上（类似黑客）的你感觉，所以需要对Spyder的环境进行一定的配色。我个人比较喜欢黑底+彩色代码的背景。具体配置方法如下： 如上图所示。依次点击 菜单 Tools——preferences——Syntax coloring——Scheme（ Monokai ） ，最后点击OK! 来源： oschina 链接： https://my.oschina.net/u/3750423/blog/3420841

软件R，地址 R下载地址 步骤：进入网站后download R，选择合适的China的源即可，分别有适用于Mac，Linux，Windows三个版本，注意选择适合的版本. 不需要下载R-studio ，直接用原生态的IDE就行。 随机数都有随机性，要自己跑一遍才能不一样 1、代码如下： w=rnorm(1000) hist(w,freq=FALSE) x=seq(min(w),max(w),by=0.001) y=dnorm(x,mean(x),sd(w)) lines(x,y,col=“blue”,lwd=2) ave<-mean(w) print(ave) [1] 0.02887559 v=var(w) print(v) [1] 0.9864485 直方图如图1所示： 结论：方差和期望与计算结果较为拟合。 图1 2、 2.1、代码如下： t<-rpois(100,2) print(t) [1] 3 0 2 4 2 3 1 5 2 1 2 0 2 0 1 4 1 3 2 4 3 3 2 1 1 3 5 1 2 2 4 2 4 1 1 1 [37] 1 1 1 1 3 0 2 1 0 3 2 3 1 2 7 1 4 1 2 1 3 1 3 4 3 1 2 3 0 3 1 1 3 0 3 1 [73] 1 1 3 3 1 4 1 4 3 2 3 0 2 2 0 4 5 2 2 0 3