pbs

可以将文章内容翻译成中文,广告屏蔽插件可能会导致该功能失效(如失效，请关闭广告屏蔽插件后再试): 问题: Sometimes when I run jobs on a PBS cluster, I'd really like the joblog (-o file) in two places. One in the $PBS_O_WORKDIR for keeping everthing together and one ${HOME}/jobOuts/ for greping/awking/etc... Doing a test from the command line works with tee : echo "hello" | qsub -o `tee $HOME/out1.o $HOME/out2.o $HOME/out3.o` But once I try to put this in my PBS script, it does not work if I put it in a PBS script and qsub ####Parameterized PBS Script #### #PBS -S /bin/bash #PBS -l nodes=1 #PBS -l walltime=0:01:00 #PBS -j oe #PBS -o `tee TEE

This question is related to pbs job no output when busy . i.e Some of the jobs I submit produce no output when PBS/Torque is 'busy'. I imagine that it is busier when many jobs are being submitted one after another, and as it so happens, of the jobs submitted in this fashion, I often get some that do not produce any output. Here're some codes. Suppose I have a python script called "x_analyse.py" that takes as its input a file containing some data, and analyses the data stored in the file: ./x_analyse.py data_1.pkl Now, suppose I need to: (1) Prepare N such data files: data_1.pkl, data_2.pkl, ..

在服务器pbs提交R程序的步骤： 在当前.R目录下生成一个.sh文件，如命名为sub.sh，内容如下： #PBS -N jobname #PBS -l nodes = cnode2:ppn = 1 cd $PBS_O_WORKDIR R CMD BATCH -- no -save Rscript . R （以上jobname为自定义的任务名称，第二行代码指定把任务提交到node2，占用其中1个节点。还有其他PBS参数指定如walltime，后面的案例中都会有所说明。） 说明：服务器上装了两套R，一套使用gcc编译器，另一套使用icc编译器，默认的为icc，调用gcc的方法为：/public/software/R-3.3.3/gcc/bin/R 或者通过qsub -l提交 qsub -l nodes=cnode2:ppn=1 qstat 是查看所有任务的排队以及运行情况，通常在需要删除或者看自己的程序是否进行运行的时候,会使用这个命令进行查看。 pestat 则是可以在提交代码之前，查看哪些节点有空闲，或者占用率比较小，这样提交的时候就可以选择负荷比较小的节点进行提交。 首先使用 qstat 查看你的提交的任务的编号，然后使用 del 四位数编号 ，即可进行删除。 下面用两个实际的提交方式来进行说明讲解。 #!/bin/sh -x #PBS -l nodes=cnode2:ppn

本文从本人简书博客同步过来 在 上一篇 中我们非常简单地介绍了在 C 语言中嵌入 mpi4py 程序的方法。 前面我们所给出的各个例程一般都是在单台计算机上直接使用 mpiexec 或 mpirun 执行的，但是在实际应用中，对规模比较大的高性能计算任务，一般会提交到集群或超级计算机平台上进行计算。集群系统具有低成本、高性能的特性，提供了强大的批处理和并行计算能力，代表了高性能计算机发展的新方向。在集群或者超级计算机平台上，一般不能随意地直接以 mpiexec 或 mpirun 运行我们的并行计算程序，而必须通过其上提供的作业管理系统来提交计算任务。作为集群系统软件的重要组成部分，集群作业管理系统可以根据用户的需求，统一管理和调度集群的软硬件资源，保证用户作业公平合理地共享集群资源，提高系统利用率和吞吐率。下面我们将简要地介绍几个常用的集群作业管理系统：PBS，LSF 和 SLURM。下面我们首先简要介绍 PBS 作业管理系统。 PBS （Protable Batch System） 作业管理系统会根据一个集群上的可用计算节点的计算资源管理和调度所有计算作业（无论是批处理作业还是交互式作业）。 qsub：提交作业 qdel：取消作业 qsig：给作业发送信号 qhold：挂起作业 qrls：释放挂起的作业 qrerun：重新运行作业 qmove：将作业移动到另一个队列 qalter

When submitting a job script to a PBS queuing system, a walltime is specified automatically or by the user e.g. via #PBS -l walltime=1:00:00 The question is if this time can be accessed from the job script. Is there an environment variable or some other way to get this walltime. In the end, the job script should decide from time to time if there is enough time left to do some more work so that the job does not get killed by the queuing system. Update: At least if the user has specified the walltime in the resources list, I can propose the following workaround (working for bash) read _ _ PBS

一、Centos7系统的安装及设置 1、给两台电脑安装CentOS7.0，光盘启动路径修改为： /dev/cdrom 修改主机名称 # hostnamectl set-hostname <host-name> 2、设置ip地址 # vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 添加下列属性值 IPADDR=”192.168.0.134” NETMASK=”255.255.255.0” BROADCAST=”192.168.0.255” GATEWAY=”192.168.0.1” 3、设置 /etc/hosts 设置各台服务器的hosts文件都为相同的配置 192.168.0.134 master 192.168.0.135 de2 192.168.0.136 de2 4、进行ssh无密码访问设置 4.1、单项设置服务器 A访问B无需密码 a.首先在A中执行 #ssh-keygen -t rsa 连按3下进行无密码设置；执行上面一步，会在~/.ssh目录下生成两个文件id_rsa和id_rsa.pub, 其中id_rsa是私钥，保存在本机；id_rsa.pub是公钥，是要上传到远程服务器的。 b.上传公钥到需要无密码登陆的远程服务器B上并改名为authorized_keys： 远程服务器B上如果没有.ssh目录的话，先手动创建： [root

I have a long running Torque/PBS job and I'd like to monitor output. But log file only gets copied after the job is finished. Is there a way to convince PBS to refresh it? Unfortunately, AFAIK, that is not possible with PBS/Torque - the stdout/stderr streams are locally spooled on the execution host and then transferred to the submit host after the job has finished. You can redirect the standard output of the program to a file if you'd like to monitor it during the execution (it makes sense only if the execution and the sumit hosts share a common filesystem). I suspect the rationale is that it