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​ 文章简介 微生物组的热度已经持续几年了，目前热度依旧不减，感觉肠道微生物是一个可以影响机体任何表型的东西。相关研究者称，动物具有两套基因组，一套是父母遗传的，一套是出生后微生物带来的；中医学认为，体质是由先天遗传和后天禀赋共同影响的，先天遗传也就是第一套基因组决定的，后天禀赋就和机体与微生物的互作有关。本次小编介绍的文章是不同品种猪的结肠微生物和细菌代谢物的差异分析，中文题名为“长白猪和梅花猪结肠内微生物及微生物代谢差异研究”。 背景 长白猪是引进的外国猪种，是瘦肉型猪种，梅花猪是中国本地猪，具有脂肪沉积多等特点，作者估计也就想利用微生物组学和代谢组学探究不同品种肠道微生物以及微生物代谢物的差异。 试验动物 以7头长白断奶猪和7头梅花断奶猪为试验对象，均在30日龄断奶，断奶后，在相同的情况下饲喂30天，然后屠宰，收集结肠内容物进行16S测序和代谢物的广筛和进一步靶向筛选，同时收集结肠粘膜进行PCR定量分析，分析一些和代谢物相关的宿主基因表达情况。 试验设计 结果 一、代谢组学分析以及基因定量分析 通过代谢组数据的PCA和OPLS-DA分析；发现相同品种的代谢物数据聚到一起，说明不同品种的样本重复性较好；同时，基于OPLS-DA分析，非靶向代谢物筛选鉴定了401种差异代谢物，在MS/MS 数据库注释到71种具体的差异代谢物。 样品聚类及差异代谢物筛选 在数据库对代谢物功能注释

ylbtech-人物-物理学家-霍金：百科 斯蒂芬·威廉·霍金（ Stephen William Hawking，1942年1月8日至2018年3月14日 ），男，出生于英国 牛津 ，英国 剑桥大学 著名物理学家，现代最伟大的物理学家之一、20世纪享有国际 盛誉 的伟人之一。 1963年，霍金21岁时患上 肌肉萎缩性侧索硬化症 （卢伽雷氏症），全身 瘫痪 ，不能言语，手部只有三根手指可以活动。1979至2009年任 卢卡斯 数学教授，主要研究领域是 宇宙论 和 黑洞 ，证明了 广义相对论 的 奇性定理 和 黑洞 面积定理，提出了 黑洞蒸发理论 和无边界的霍金宇宙模型，在统一20世纪物理学的两大基础理论—— 爱因斯坦 创立的 相对论 和 普朗克 创立的 量子力学 方面走出了重要一步。获得CH（英国 荣誉勋爵 ）、 CBE （大英帝国司令勋章）、FRS（英国 皇家学会 会员）、FRSA（英国皇家艺术协会会员）等荣誉。 2012年4月6日播出的热播美剧《 生活大爆炸 》第五季第21集中，史蒂芬·霍金本色出演参与了客串。2017年为英国 BBC 录制纪录片《探索新地球》。 物理学家 斯蒂芬·霍金 11月6日表示，技术有望逆转工业化对地球造成的一些危害，有助于消除疾病和贫困，但人工智能需要加以控制。 2017年11月，霍金预言2600年能源消耗增加，地球或将变成“火球”。

本文出自于 http://www.bioinfo-scrounger.com 转载请注明出处 RNA-seq测序方法 在测mRNA过程中，首先要去除rRNA。以人为例，在抽提的总RNA中，95%的RNA是rRNA，2%的RNA是mRNA，剩下的则是lncRNA、microRNA、siRNA等。 rRNA整个人类当中是非常保守的，在各个组织器官中也是非常稳定的，因此这些测序结果对我们的研究是没有用处的。mRNA则是RNA中比较重要的部分。 Illumina公司的Truseq RNA建库方法是应用最广泛的一种，真核普通转录组为例： 首先以mRNA的Poly(A)(高等生物特有的)这个特点，让带有Poly(T)探针的磁珠与总RNA进行杂交，使mRNA和磁珠相结合在一起。 接着回收磁珠，将带有Poly(A)的mRNA从磁珠上洗脱下来。 然后用镁离子溶液将洗脱下来的mRNA打成片段，被打断的mRNA片段用随机引物逆转录出第一链的cDNA，再合成出第二链，这样就有了双链cDNA。 对双链cDNA末端修复，加A加接头。 片段选择，PCR扩增、纯化（如果样本中存在污染物，则需要结合试剂盒进一步纯化）。 注： 这个建库方法对mRNA的完整性有较高要求，因此如果mRNA发生降解，那么磁珠只能吸附靠近3’端的mRNA断片，会在富集阶段被洗脱，导致最后数据有一定的偏差

两个主流的单细胞测序技术：BD Rapsody和10x genomics。这两家的单细胞捕获技术不同。 10xgenomics起源于drop-seq技术，来自哈佛大学。10x与Drop-seq与类似的原理：一个油滴=一个单细胞=一个凝胶微珠=一个RNA-seq。利用微流控的原理捕获单细胞。10x genomics比BD早上市一年。 BD的Rapsody平台，在2017年Nature发表了一篇脑研究的文章后，将其技术公布了。原理：一个微孔=一个单细胞=一个磁珠=一个RNA-seq。 二者都提高1-6k不等的细胞量。这个数据量能够覆盖大部分组织的single cell群体。 参考： http://www.novelbio.com/blog/c1/7.html 单细胞实验技术：http://www.novelbio.com/blog/c1/4.html 来源： https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11940843.html

卡内基梅隆大学的研究团队与明尼苏达大学合作，在无创机器人设备控制领域取得了突破。研究人员使用一种非侵入性的脑机接口（BCI），开发了有史以来首个成功的，由心理控制的机械臂，该机械臂具有连续跟踪和跟踪计算机光标的能力。 仅凭思想就能够无创地控制机器人设备将具有广泛的应用，特别是有益于瘫痪患者和运动障碍患者的生活。 BCI已被证明仅使用从大脑植入物感应到的信号来控制机器人设备的良好性能。当机器人设备可以进行高精度控制时，它们可以用于完成各种日常任务。但是，到目前为止，那些脑机接口成功地控制机械手臂的研究，都使用了侵入性的大脑植入物。这些植入物需要大量的医学和外科专业知识才能正确安装和操作，更不用说成本和对受试者的潜在风险。因此，它们的应用仅限于少数临床病例。 BCI研究面临的一大挑战是开发侵入性较小甚至完全无侵入的技术，该技术将使瘫痪的患者利用自己的"思想"来控制其环境或机器人肢体。这种无创的BCI技术如果成功，将会给许多患者甚至普通人带来巨大的改变。将会给许多患者甚至普通人带来巨大的改变。 卡内基梅隆大学教授贺斌和他的实验室使用新颖的传感和机器学习技术，能够访问大脑深处的信号，从而实现了对机械臂的高分辨率控制。他采用无创神经成像技术和一种新的连续追踪范式，克服了EEG信号的噪声，显着改善了基于EEG的神经解码能力，并促进了机器人设备实时连续2D控制。

1. 由标记标签组成 2. html标签分类： 常规元素（双标签） <标签名>内容</标签名> 空元素（单标签） <标签名 /> 3. html标签关系： 嵌套关系 并列关系 4. 常用开发工具： 来源： https://www.cnblogs.com/vinciwangqi/p/11928783.html

生命组学： National Genomics Data Center 中的 section ： LncRNA 知识库 +non-code 加入 RNA central GWAS Atlas 基因组关联分析数据库 EWAS 表观组关联分析数据库，大部分是人。 Tissue/cell 单细胞测序 Idog Rice genome reannotation中研究的内容有 表达谱、可变剪接和重注释等 人群队列分析 BIG search 生物信息的国际组织： IUBS 、 CODATA 、 Open Data in a Big Data World 现在的国际三大生物信息学中心是中美欧 来源： https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11908590.html

生物医学大数据 精准医疗 研发药物：特异性靶点 & 过表达靶点 Encode &roadmap 找组织特异性的表观遗传学标记、 TF 、 DNA 甲基化的动态变化等信息。 生物大数据的标准化与整合 ---- 降维分析 --- 聚类和功能分析 ---- 多组学 ---- 结合临床病理分型 ---- 生物信息学可视化分析（描述 & 预测） Regulation network ： Multiple&dynamic&balance 单细胞测序： single-cell RNA-seq 大数据应用：将基础研究与临床医学研究相结合。 国际大数据中心现状 北京基因组研究所主持国内数据库， eg ： GSA 。 建立中国人参比基因组 最新使用 AI 技术辅助预测。 来源： https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11908534.html

好文献非常难得，提供了核心的研究思路。 FTO Obesity Variant Circuitry and Adipocyte Browning in Humans - 这篇文章需要好好的解析 为深入研究一个non-coding variant的作用机制提供了完整的思路 本文宏伟的目标：we sought to identify a causal variant with regulatory roles, its upstream regulator, and its downstream target gene in order to provide a candidate mechanistic basis for the association between FTO and obesity. 基本概念 FTO是一个基因，与肥胖有显著关联，GWAS分析也鉴定出了一些显著的variant。 Fat mass and obesity-associated protein also known as alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase FTO is an enzyme that in humans is encoded by the FTO gene located on chromosome 16. 肥胖与其他疾病的关系

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