gmx

Note from> http://jerkwin.github.io/GMX/GMXtut-1/ 1 、生成拓扑 >gmx_mpi pdb2gmx -f pro2.pdb -o pro2.gro -water TIP3P >5 2、检查拓扑 3、定义单位盒子并填充溶剂 >gmx_mpi editconf -f pro2.gro -o pro2_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic > gmx_mpi solvate -cp pro2_newbox.gro -cs spc216.gro -o pro2_solv.gro -p topol.top 4、添加离子 >gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c pro2_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 5、能量最小化 > gmx_mpi grompp -f minim.mdp -c pro2_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr > mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm em & 6、NVT平衡 >gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr > mpirun -n 32 gmx_mpi mdrun -deffnm nvt