cytoscape

最近在做网络构建的课题，用到了cytoscape软件，所以把软件的用法总结了一下。 cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。研究单位包括加州大学圣地亚哥分校的TreyIdeker实验室，加州大学旧金山分校的BruceConklin实验室，Pasteur研究院的Benno Schwikowski实验室，Memorial_Sloan-Kettering癌症研究中心的Chris Sander实验室，Institute forSystems Biology的Leroy Hood实验室。 首先这个软件是基于JAVA的一款多功能软件，在安装好相应版本的JAVA之后，安装的cytoscape才可以正常运行。 一、输入文件 支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。 1、 edge文件格式： tsv（制表符分隔的txt是一样的），csv（逗号分隔的），xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的网络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。

Could someone provide some suggestions on how to load the following onto webviewer from loadContent()? http://jsbin.com/aqupun/6/edit I was trying to do something like this, but it doesn't seem to work. Thanks! Scanner sc1 = new Scanner(new File("src/web/web.html")); String webStr = sc1.useDelimiter("\\Z").next(); Scanner sc2 = new Scanner(new File("src/web/data.js")); String dataStr = sc2.useDelimiter("\\Z").next(); Scanner sc3 = new Scanner(new File("src/web/cytoscape.min.js")); String cytoStr = sc3.useDelimiter("\\Z").next(); Scanner sc4 = new Scanner(new File("src/web/jquery.min.js"));

Cytoscape.js Graph theory (network) library for visualisation and analysis 用于可视化和分析的图论 (网络) 库 https://js.cytoscape.org/ https://www.npmjs.com/package/cytoscape visualization & visualisation 可视化 visual, visualization, visualize, visible, visibility, visually, visualisation Graph theory https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_theory https://www.javascripting.com/view/cytoscape-js https://blog.js.cytoscape.org/2016/05/24/getting-started/ 来源： https://www.cnblogs.com/xgqfrms/p/10068995.html

•　　Cytoscape一款开源的网络显示和分析软件。 　　 软件的核心部分提供了 网络显示、布局、查询等方面的基本功能。 •　　Cytoscape源自系统生物学，通过Cytoscape，用户可以在可视化的 环境下将这些生物网络跟基因表达、 　　 基因型等各种分子状态信息整合 在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。 •　　Cytoscape的核心是网络（图），其中的节点（node）是基因、蛋白 质或分子， 　　 其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用。 来源： https://www.cnblogs.com/wangshicheng/p/11260603.html

Cytoscape是一个做网络图的js插件。用起来非常方便，并且非常强大。这是它的站点： 点击打开链接 使用它须要导入两个文件，一个是js文件，一个是css文件。官网上下载。 这里实现了一个功能。即从后台数据库中检索数据，然后返回到前端，生成网络图。 后台action就不写了，总之返回到前端的是一个struts2的<s:iterator value="userlist" >。首先用div显示出来： <div id="hidden"> <s:iterator value="userlist" > <div align="left" id="a"><s:property value="phe" /></div> <div align="left" id="b"><s:property value="phecui" /></div> <div align="left" id="e"><s:property value="icd" /></div> <div align="left" id="f"><s:property value="mesh" /></div> <div align="left" id="g"><s:property value="hpo" /></div> <div align="left" id="h"><s:property value="symp" /><

1. index.html头部引用 <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/cytoscape/3.2.19/cytoscape.min.js"></script> 2. 修改webpack.base.cong.js module.exports = { ... externals: { cytoscape: "cytoscape" } ... } 3. 在相关组件的ts中 import { Vue, Component, Watch, Prop } from "vue-property-decorator" import cytoscape from "cytoscape" @Component({}) export default class Cytoscape extends Vue { /* ---- 变量 ---- */ cy; /* ---- 函数 ---- */ /* ----生命周期 ---- */ mounted() { this.cy = cytoscape({ container: document.getElementById('cy')； // 组件中要有id="cy"的dom元素 ... //配置项 }）； } } 4. 注意， 我这里使用的是ts，所以需要cytoscape 的类型声明文件

本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图 Cytoscape所支持的数据格式： 1.*.sif格式： nodeA<interaction>nodeB nodeC<interaction>nodeD … 即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等，第二列是相互作用的名称 *.sif格式简单，容易处理，但它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。 2. xgmml格式，它是一种xml格式，可以规定节点和边的许多信息，但也更复杂。 3.*.txt格式：用tab分割的纯文本文件 可以将文件设置成两列，每一列都是基因名（或蛋白质名），同一行的两个基因（或者蛋白质等）代表有互作关系；也可以加其他参数放在第三列，例如两基因调控的强弱系数 本文以txt格式的数据进行演示绘制网络图 网络文件：net.txt：共表达网络；共四列，前两列是gene id，第三列是共表达类别（正1/负-1），第四列是相关系数，以tab键分隔 节点属性文件： 步骤： 导入网络文件：file->import->network->file(net.txt) 其中不同标识代表着不同的含义 导入后 导入节点属性文件：file->import->table->file(node.txt)(此处为table而非network) 注：node.txt：节点属性文件。四列，包含三种属性；第一列为gene id

1.先上效果图 拓扑图.gif 2.首先附上一些参考链接: https://github.com/cytoscape/cytoscape.js demo &&api : http://js.cytoscape.org/#demos 其他参考: https://blog.csdn.net/min_mo/article/details/84026197 在你的项目里面下载以下相关包 npm install --save cytoscape cytoscape-dagre dagre 会有以下包被下载下来: image.png 4.新建一个cytoscape.vue组件，代码如下： <template> <div id="box"> <h1>cytoscape-dagre demo</h1> <div id="cy"></div> </div> </template> <script> import cytoscape from 'cytoscape' import cydagre from 'cytoscape-dagre' import dagre from 'dagre' cydagre(cytoscape, dagre) export default { name: 'cytoscape', components: { }, data () { return { } },