文章：
研究方法：
本实验研究对像为智利北部的阿塔卡马沙漠。 此地为世界上最干旱的地区之一，其中有些地方十年降水量不足1毫米。尽管这里极端干旱，但仍有微生物生活在这里。我们的采样地点为东部的Baquedano和西部的Yungay，发现土壤温度与降水量正相关。在这两个地点，我们挖坑，并在不同深度取三组样品。
软件版本：
qiime2-2018.4
source activate qiime2-2018.4 mkdir qiime2-atacama-tutorial cd qiime2-atacama-tutorial # 实验设计表 wget http://bailab.genetics.ac.cn/markdown/QIIME2/atacama-soils/sample-metadata.tsv # 10%的原始数据，正向，反向，barcode mkdir emp-paired-end-sequences wget -O "emp-paired-end-sequences/forward.fastq.gz" "https://data.qiime2.org/2018.4/tutorials/atacama-soils/10p/forward.fastq.gz" wget -O "emp-paired-end-sequences/reverse.fastq.gz" "https://data.qiime2.org/2018.4/tutorials/atacama-soils/10p/reverse.fastq.gz" wget -O "emp-paired-end-sequences/barcodes.fastq.gz" "https://data.qiime2.org/2018.4/tutorials/atacama-soils/10p/barcodes.fastq.gz"# 双端数据导入，数据建库类型为EMP双端序列(本示例来自EMP项目) qiime tools import \ --type EMPPairedEndSequences \ --input-path emp-paired-end-sequences \ --output-path emp-paired-end-sequences.qza # 数据拆分 # 按Barcode进行样品：--m-barcodes-file为含有样品与barcode信息对应的实验设计，--m-barcodes-category指定含有barcode信息的列名称，--i-seqs输入文件，--o-per-sample-sequences输出文件， --p-rev-comp-mapping-barcodes为barcode方向，是用实验设计的barcode与测序文件比对确定方向，此分析中为反向互补 qiime demux emp-paired \ --m-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-barcodes-category BarcodeSequence \ --i-seqs emp-paired-end-sequences.qza \ --o-per-sample-sequences demux \ --p-rev-comp-mapping-barcodes # 对拆分样品的结果和质量进行统计 qiime demux summarize \ --i-data demux.qza \ --o-visualization demux.qzv # 展示统计分析结果 qiime tools view demux.qzv