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报错信息
- /lib64/libstdc++.so.6 目录文件, 没有
CXXABI_1.3.9这个版本 - 而这个版本是需要的, 因为
tidyr.so需要调用它
Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/home/dengfei/anaconda3/lib/R/library/tidyr/libs/tidyr.so': /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /home/dengfei/anaconda3/lib/R/library/tidyr/libs/tidyr.so) 解决思路
- 查看
/lib64/libstdc++.so.6的拥有的版本号, 一般来说是版本太老 - 在服务器上找到这个动态库(肯定有新的)
- 将新的动态库copy到路径下
- 将软链接
libstdc++.so.6关联新的文件
1. 查看/lib64/libstdc++.so.6版本号
(base) [root@localhost bin]# strings /lib64/libstdc++.so.6 |grep CXXABI CXXABI_1.3 CXXABI_1.3.1 CXXABI_1.3.2 CXXABI_1.3.3 CXXABI_1.3.4 CXXABI_1.3.5 CXXABI_1.3.6 CXXABI_1.3.7 CXXABI_TM_1 可以看到, 里面没有CXXABI_1.3.9这个版本
2. 查看服务器上, 还有没有其它的libstdc++.so.6库, 并查看他的版本是否有CXXABI_1.3.9
find / -name 'libstdc++.so' /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libstdc++.so /root/anaconda3/pkgs/gxx_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/lib/libstdc++.so 可以看到, 我的anaconda中已经有这个库了, 查看一下是否有版本CXXABI_1.3.9
(base) [root@localhost bin]# strings /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so | grep 'CXXABI' CXXABI_1.3 CXXABI_1.3.1 CXXABI_1.3.2 CXXABI_1.3.3 CXXABI_1.3.4 CXXABI_1.3.5 CXXABI_1.3.6 CXXABI_1.3.7 CXXABI_1.3.8 CXXABI_1.3.9 CXXABI_1.3.10 CXXABI_1.3.11 CXXABI_TM_1 CXXABI_FLOAT128 CXXABI_1.3 CXXABI_1.3.11 CXXABI_1.3.2 CXXABI_1.3.6 CXXABI_FLOAT128 CXXABI_1.3.9 CXXABI_1.3.1 CXXABI_1.3.5 CXXABI_1.3.8 CXXABI_1.3.4 CXXABI_TM_1 CXXABI_1.3.7 CXXABI_1.3.10 CXXABI_1.3.3 可以看到, 是有CXXABI_1.3.9版本的.
查看一下它真正的文件, 使用ls -l命令
(base) [root@localhost bin]# ls -l /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so lrwxrwxrwx. 1 root root 19 Jan 15 16:22 /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so -> libstdc++.so.6.0.25 libstdc++.so.6.0.25这个文件才是我们需要的.
将动态库复制到目标路径下:
cp /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so.6.0.25 /lib64/ 查看文件
(base) [root@localhost lib64]# ls -l libstdc++.so.6* lrwxrwxrwx. 1 root root 19 Mar 2 13:06 libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.19 -rwxr-xr-x. 1 root root 991616 Oct 30 2018 libstdc++.so.6.0.19 -rwxr-xr-x. 1 root root 9536208 May 15 13:48 libstdc++.so.6.0.25 这里, 将动态库libstdc++.so.6的链接由libstdc++.so.6.0.19, 变为libstdc++.so.6.0.25即可.
这里的ln -sf 是强制覆盖创建软链接.
(base) [root@localhost lib64]# ln -sf libstdc++.so.6.0.25 libstdc++.so.6 (base) [root@localhost lib64]# ls -l libstdc++.so.6* lrwxrwxrwx. 1 root root 19 May 15 13:51 libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.25 -rwxr-xr-x. 1 root root 991616 Oct 30 2018 libstdc++.so.6.0.19 -rwxr-xr-x. 1 root root 9536208 May 15 13:48 libstdc++.so.6.0.25 (base) [root@localhost lib64]# 搞定.
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